Infekcija je uzrokovana invazijom stranih stanica, poput bakterija kod ljudi koje nanose štetu organizmu domaćina. Općenito se organizam domaćina smatra “koloniziranim” stanicama koje mu ne pripadaju. Te strane stanice moraju biti štetne za organizam domaćina kako bi se kolonizacija smatrala infekcijom.
Postoje mnogi primjeri živih bića koja imaju koristi od kolonizacije drugih stanica. Dva odvojena organizma mogu imati simbiotski odnos jedan prema drugome, što ne šteti nijednom organizmu. S druge strane, kolonija stanica (ili parazita) možda nema utjecaja na organizam domaćina, ali može imati koristi za koloniju. Na primjer, stafilokok i strep bakterije se obično nalaze na koži ljudi i na većini sisavaca. Osim ako bakterija ne razboli osobu ili životinju, ovo nije infekcija.
Postoji mnogo različitih vrsta infektivnih agenasa. Ne samo bakterije, već i virusi, paraziti i gljivice mogu stvarati probleme organizmu domaćina. Ponekad te stanice koje nisu domaćini zapravo rade zajedno kako bi spriječile pojavu infekcije. Na primjer, ako imate strep grlo, često vam se daju antibiotici. Ovo je izvrsno za ubijanje strep stanica. Problem je u tome što ljudi također imaju određenu količinu gljivičnih stanica, zvanih kvasac, na svom tijelu.
Kada su uobičajene kožne bakterije i kvasac prisutni zajedno, obično ne predstavljaju problem za ljude. Oni se bore jedni protiv drugih umjesto da se bore protiv ljudskog tijela, tako da razine svake kolonije ostaju uravnotežene. Kada se antibiotici uvedu u mješavinu, odjednom možete ubiti dobre bakterije, što održava razinu kvasca pod kontrolom, uz zarazne bakterije. To može rezultirati gljivičnom ili gljivičnom infekcijom, jer je ravnoteža kolonija poremećena. Antibiotici također mogu uzrokovati želučane smetnje ili proljev, budući da korisne bakterije također žive u crijevnom traktu i mogu ih uništiti.
Druge infekcije nastaju kada se naglo unese strana kolonija. Ljudi koji putuju u zemlje u kojima pitka voda sadrži visoku razinu parazita mogu unijeti određene parazite u svoje tijelo. Putnički proljev obično je uzrokovan tjelesnim primanjem parazitskih ili bakterijskih agenasa. S druge strane, parazitski agensi poput trakavica mogu postupno naštetiti ljudima rastući unutar tijela. To bi se smatralo parazitskom infekcijom.
Povremeno, početna kolonizacija drugih organizama uzrokuje malo štete domaćinu. Trakavice mogu živjeti godinama kod ljudi, a da čovjek ne pokazuje nikakve simptome. Ipak, u konačnici, trakavice će uzrokovati štetu, pa kada se otkriju, ljudi obično uzimaju posebne lijekove za ubijanje crva kako bi se trakavice eliminirale.
U većini slučajeva, ključ za razumijevanje infekcije je koncept “šteta za domaćina”. Bez obzira na to je li ta šteta trenutno uzrokovana kolonijom ili je eventualni uzrok kolonizacije, infekcije često zahtijevaju liječničku pomoć. Jedina iznimka od ovoga događa se u situacijama kada su ljudi kolonizirani prolaznim kolonijama virusa. Općenito, kod zdravih ljudi tijelo radi na borbi protiv infekcije, poput obične prehlade, i često je uspješno. Tijelo se ne bori uspješno s nekoliko virusa poput HIV-a i zahtijevaju velike doze antivirusnih lijekova kako bi spriječili ili odgodili virus da izazove značajnu štetu. Neki virusi ostaju otporni na liječenje, poput virusa Zapadnog Nila i virusa ebole.