Istraživački program koordinira nekoliko projekata koji dijele zajednički istraživački cilj. Takve programe obično usmjeravaju i financiraju velike organizacije, kao što su sveučilišta, korporacije, nevladine organizacije i vlade. Ovisno o potrebama i interesima organizacije, istraživački programi se uvelike razlikuju u pogledu strukture i ciljeva.
Voditelji istraživačkih programa prvenstveno rade na koordinaciji i nadzoru svih uključenih projekata i osiguravaju da ostanu na zadatku. Sponzorirani projekti obično također imaju svoje neposredne menadžere. Ta je osoba obično odgovorna za osmišljavanje i izvođenje određenog projekta.
U mnogim slučajevima, odnos između istraživačkog programa i istraživačkog projekta može se usporediti s odnosom između davatelja franšize i primatelja franšize. Davatelj franšize pruža uspostavljeni skup smjernica i sustav podrške dok primatelj franšize radi na razvoju svog vlastitog posla. Kao i unutar franšiznog sustava, ukupni uspjeh istraživačkog programa ovisi o uspjehu njegovih manjih sastavnica. Voditelji projekta mogu komunicirati jedni s drugima kada uspješno djelovanje bilo kojeg projekta ovisi o drugom, ili mogu provoditi svoje aktivnosti neovisnije. U oba slučaja, svi projekti su odgovorni nadzornom programu i njegovim ciljevima.
Različite vrste organizacija imaju različite ciljeve pri razvoju novih istraživačkih programa. Profitna tvrtka mogla bi pokrenuti istraživački program kako bi saznala više o svom tržištu, konkurenciji i mogućnostima za razvoj proizvoda ili usluga. Ovi istraživački programi osmišljeni su da otkriju zahtjeve tržišta, da pronađu načine za bolje zadovoljenje tih zahtjeva i općenito da postanu konkurentniji. Korporativni istraživački programi također se često postavljaju kako bi ispitali potrošnju i troškove, uključili nove tehnologije i organizacijske alate i pripremili se za velike operacije kao što je inženjerski projekt. Tvrtka također može razviti istraživačke programe usmjerene na podršku društvenim ciljevima — oni se mogu usredotočiti na pomoć okolnoj zajednici ili zaposlenicima tvrtke.
Društveno orijentirani istraživački programi također se obično pokreću od strane nevladinih organizacija i vlada. Oni mogu biti usmjereni na gospodarski ili politički razvoj, poboljšanje usluga kao što su obrazovanje ili zdravstvena zaštita, poticanje poduzetništva kod građana, zaštita okoliša, integraciju pridošlica u društvo ili bilo koji broj ciljeva koje je organizacija sama sebi postavila. Vlade također često financiraju istraživačke programe koji promiču rast u određenim industrijama. Sveučilište se ponekad može usredotočiti na istraživanje radi sebe samog – to jest, radi razvoja ljudskog znanja. Međuorganizacijsko financiranje i suradnja na istraživačkim projektima također se mogu dogoditi tamo gdje se interesi preklapaju.