Japanski vodeni vrt smatra se velikim umjetničkim djelom koje treba izraditi i njegovati s meditativnom profinjenošću. Japanski vrtovi su razvijeni i prenijeti od majstora, odnosno senseija, do šegrta. Drevni, kultivirani japanski krajolik odražavao je japansku kulturu i filozofiju: sklad s prirodom, mir, ozbiljnu kontemplaciju i disciplinu. Japanski vodeni vrt je manja, dirljiva značajka ugrađena u veći tipični japanski vrt, a uključuje vodu; ukrasi kao što su most, stepenice ili lampion; paviljon ili pagoda; i autohtone biljke.
Drevna japanska Tajna knjiga vrtova, ili Sakutei-ki, koja je napisana u 11. stoljeću, najstarija je poznata knjiga vrtlarske umjetnosti na svijetu. U njemu autor postavlja stroga pravila i odgovarajuće zamjene za vrlo simboličan japanski vrt. Primjerice, knjiga diktira vrstu, veličinu i kamenje za simulaciju ili stvaranje slapova, a kaže da “devet vrba može zamijeniti rijeku” gdje nema vode. Kada su japanski vrtovi postali popularizirani u zapadnim kulturama tijekom kasnog 19. stoljeća, pravila su bila dodatno savijena kako bi se prilagodila različitim klimatskim uvjetima i zapadnjačkim ukusima vrtlarstva u dvorištu.
Voda, bila stvarna ili simbolična, očito je ključna komponenta i krajnja žarišna točka japanskog vodenog vrta. Japanski vodeni vrtovi pokušavaju se prilagoditi prirodnom toku postojeće vodoopskrbe ili osigurati prirodni protok ako je potrebna simulirana voda. Ribnjaci i potoci teku lagano, ne u geometrijskim linijama. Prirodni slapovi ili pitome potočiće preferiraju se nad umjetnim fontanama. Gdje nema vode, blago zakrivljene staze pijeska ili zaobljeni šljunak mogu sugerirati njezinu prisutnost.
Nastavljajući temu sklada s prirodom, flora japanskog vodenog vrta porijeklom je iz klime i prikladna je za vodeni okoliš. U japanskim vodenim vrtovima cvijeće se rijetko uzgaja. Služe kao puki komplimenti bujnom zelenilu i pjenušavoj vodi.
Prirodni ukrasi uljepšavaju vrt, ali nikada ne preplavljuju vrt. Središnja točka japanskog vodenog vrta je voda, a ukrasi kao što su stepenice, most i lampion služe za povećanje važnosti vode. Pagoda ili paviljon poziva posjetitelja da se zadrži u tihoj kontemplaciji, možda tijekom formalne čajne ceremonije. Svi elementi japanskog vodenog vrta usmjeravaju vrtlara i posjetitelja da uživaju u spokoju prirode.