Junk DNK je DNK za koju se čini da nema nikakvu vidljivu funkciju. Međutim, izraz “smeće” pomalo je pogrešan, budući da su istraživanja o junk DNK sugerirala da ona zapravo može igrati važnu ulogu u evolucijskoj povijesti i životima mnogih organizama. Umjesto smeća, ova se DNK zapravo može pohraniti iz kritičnog razloga, a istraživači su počeli istraživati junk DNK s ciljem saznanja više o njoj.
Neki ljudi nazivaju neželjenu DNK “nekodirajuću DNK”, pozivajući se na činjenicu da ne kodira proteine koji se eksprimiraju u fenotipu organizma domaćina. Kako god to nazvali, postotak neželjene DNK u genomu često je prilično visok. Kod ljudi se, na primjer, 95% genoma sastoji od nekodirajuće DNK. Čini se da otpadna DNK objašnjava veliki dio razlika u veličini genoma između različitih organizama, budući da neke biljke i životinje imaju mnogo neželjene DNK, dok druge imaju manje.
Sve vrste informacija mogu biti sadržane u neželjenoj DNK. Na primjer, veliki dijelovi nekodirajuće DNK su ono što je poznato kao “ultrakonzervirani”, što znači da su ostali isti milijunima godina. Znanstvenici znaju da su ovi dijelovi ultrakonzervirani jer su identični u brojnim organizmima, ponekad u slučaju stvorenja koja su samo u udaljenom srodstvu. Kada čujete tvrdnje poput “genom životinje X i čovjeka je 98% identičan”, to je zbog ultrakonzerviranog DNK.
Promatrajući razlike u otpadnoj DNK među organizmima, istraživači su uspjeli naučiti više o tome kada su se ti organizmi odvojili od zajedničkih predaka. Čini se da je činjenica da je nekodirajuća DNK očuvana milijunima godina ukazuje da ima neku vrstu funkcije, možda u ulozi regulacije gena, popravljanja gena ili evolucije gena. Nekodirajuća DNK također djeluje kao pufer u genetskom kodu koji može igrati ulogu u replikaciji DNK.
Postoje neki dokazi da su neki dijelovi u neželjenoj DNK nekoć bili aktivni geni, što je dovelo do toga da istraživači te dijelove nazivaju “pseudogenima”. U nekom trenutku evolucijske povijesti, ovi su geni smatrani nevažnim ili su ih zamijenili drugi geni, ali su tiho ostali u pozadini. Nekodirajuća DNK također može igrati ulogu u nasljeđivanju bolesti i drugih osobina, što znači da ipak nije smeće.