Kromofor je skupina atoma unutar molekule koji su odgovorni za boju molekule. Kromofori se nalaze u velikom broju molekula i mogu djelovati na nekoliko različitih načina. Grupacije atoma unutar molekule koje na neki način doprinose njezinim karakteristikama također su poznate kao skupine ili funkcionalne skupine; kromofor dodaje boju molekuli zbog prirode uključenih atoma i načina na koji su međusobno povezani.
Veze između atoma u kromoforu omogućuju atomima da apsorbiraju dio vidljive svjetlosti dok reflektiraju drugu vidljivu svjetlost, dajući boju molekuli. U nekim slučajevima, atomi se mogu upariti s drugima tako da je kromofor zapravo sposoban emitirati vidljivo svjetlo. Priroda boje može varirati, ovisno o valnim duljinama koje se apsorbiraju i reflektiraju te mnogim drugim čimbenicima, uključujući čimbenike okoliša kao što je maglica koja može prikriti boju.
Ovi specijalizirani dijelovi također su prisutni u atomima unutar stanica koji imaju funkciju vezanu za boju, uključujući fotopigmente i kromatofore. U fotopigmentima, kromofori i opsini su povezani i reagirat će na svjetlost. Ovi pigmenti mogu reagirati na ili uhvatiti svjetlost promjenom oblika. Klasičan primjer fotopigmenta može se naći u ljudskom oku, gdje senzibilizirane stanice reagiraju na vidljivo svjetlo kako bi dale sliku vidljivog svijeta.
Pigmenti, boje, mrlje i druga bojila sadrže kromofore. U ovom slučaju, sredstvo za bojenje se koristi za zasićenje ili premazivanje materijala tako da poprimi boju boje. Kao što su ljudi mogli primijetiti tijekom zanatskih projekata, boje mogu biti neravnomjerne zbog loše raspodjele, neravnomjerne apsorpcije u materijalu koji se boji i drugih čimbenika. Prirodne varijacije u boji također se mogu vidjeti kod mnogih životinja, kod kojih se stanice koje sadrže kromofore mijenjaju ili se ne dopuštaju formiranje, mijenjajući prikaz karakteristika boje.
Istraživači su ponekad zainteresirani za identifikaciju kromofora jer može pružiti zanimljive informacije i uvid u molekule koje se proučavaju. Boja često može igrati ulogu u funkciji molekule. Različite tehnike mogu se koristiti za identifikaciju dijela odgovorne za boju molekule i da se vidi kako ona funkcionira. Ove strukture se također obično koriste tijekom spektrometrije, u kojoj se informacije o uzorku prikupljaju izlaganjem zračenju, uključujući vidljivu svjetlost, i gledanjem kako reagira.