Čini se da sat upravlja životima ljudi, diktira njihove dnevne ritmove. Ustaju u određeno vrijeme, jedu u pravilnim intervalima i mogu imati određeno vrijeme za spavanje svake večeri. Čak i naša tijela rade različito u različito doba dana, s nekim razinama hormona rastu dok spavamo, na primjer, a krvni tlak varira ovisno o dobu dana. Kronoterapija djeluje na principu da život prema satu nije samo za svakodnevne aktivnosti, već može imati koristi i za određene zdravstvene probleme, kao što su astma i rak. Neki lijekovi mogu biti tempirani za veću učinkovitost, a na neke probleme mentalnog zdravlja također uvelike utječe vrijeme. Nekim ljudima koji pate od bipolarnog poremećaja, na primjer, pomogla je vrsta kronoterapije koja resetira prirodne ritmove njihovih tijela ili njihove tjelesne satove.
Postoji niz dokazanih principa iza kronoterapije, uključujući vlastiti cirkadijalni ritam tijela. Temperatura osobe predvidivo varira tijekom dana, a temperatura žene raste kada ovulira. Stručnjaci koji proučavaju sportske performanse primijetili su da je snaga mišića veća popodne nego ujutro. Čak su i spojevi koji se nalaze u ljudskom majčinom mlijeku različiti u različito doba dana. Muškarci su pod utjecajem hormona testosterona koji se nalazi u njihovim tijelima na višim razinama ujutro, a razina pada kasnije tijekom dana.
Kronoterapija je čin usklađivanja prirodnih ritmova tijela s tretmanom koji je pacijentu potreban, bilo da se radi o psihijatrijskim stanjima, povišenom krvnom tlaku, endokrinom sustavu ili drugim medicinskim problemima. Kronoterapija također može utjecati na količinu lijekova koju pacijent prima. Ponekad je potrebna manja doza određenih vrsta lijekova ako je tjelesni sat optimiziran. Neki liječnici vole prednost koju predstavlja kronoterapija jer su vidjeli da se pacijenti bolje pridržavaju svojih rasporeda lijekova kada lijekovi bolje djeluju, a ponekad postoji i dodatna korist od manje neugodnih nuspojava.
Uloga kronoterapije najistaknutija je u području terapije lijekovima, pri čemu liječnici propisuju lijekove ne samo na temelju bolesti ili stanja, već i prema dobu dana. Formulacije nekih lijekova promijenjene su kako bi bolje vrijeme otpuštanja njihovih aktivnih sastojaka, a oni se nazivaju kronoterapeutici. Neki lijekovi koji se koriste u borbi protiv raka putem kemoterapije učinkovitiji su u određeno doba dana i njihova je toksičnost smanjena.