Vrsta liječenja abdominalne ciste obično ovisi o vrsti ciste. Fetalne abdominalne ciste obično uopće ne zahtijevaju liječenje i čiste se same. Za ciste na jajnicima, liječenje može varirati od čestog praćenja samo do hormonskih tretmana do operacije. I mezenterične ciste, koje se javljaju u peritoneumu na stražnjoj stijenci abdomena, i ciste omentala, koje se razvijaju u prednjoj stijenci trbuha, obično zahtijevaju operaciju za uklanjanje. U slučaju mezenteričnih cista često je potrebna i dodatna operacija resekcije crijeva ili crijeva.
Fetalne abdominalne ciste neke su od najčešćih vrsta, osobito u ženskih beba koje su bile izložene visokim razinama hormona u maternici. Nakon što se beba rodi, ove se benigne ciste obično same otapaju i ne zahtijevaju daljnje liječenje. U rijetkim slučajevima, cista će biti dovoljno velika da predstavlja prijetnju dojenčetu ili se jednostavno neće sama očistiti, a tada može postati potrebna operacija za njezino uklanjanje.
Ciste na jajnicima su također prilično česte, a njihovo liječenje često ovisi o tome koliko su teške. Prvi način djelovanja obično će biti promatranje njih kako bi se pratio bilo kakav rast i omogućila im se prilika da se sami razriješe. To se možda neće dogoditi, ali sve dok ciste ne uzrokuju probleme, liječenje možda neće biti potrebno.
Ako ciste na jajnicima rastu, mogu se dati oralni kontraceptivi kako bi se zaustavio njihov rast i smanjio. Lijekovi protiv bolova također mogu biti potrebni za ublažavanje nelagode koju uzrokuju. Za veće ciste koje uzrokuju jaku bol ili krvarenje i ne reagiraju na kontracepcijske pilule, operacija može biti potrebna. Ovisno o situaciji, to se može učiniti laparoskopski ili kroz veći rez na trbušnoj stijenci.
Mezenterična ili omentalna abdominalna cista može biti asimptomatska, ali one koje trebaju liječenje obično zahtijevaju kirurško uklanjanje. Mezenterične ciste nastaju u dijelu peritoneuma poznatom kao mezenterij, što ih često stavlja u blizinu crijeva i crijeva. U mnogim slučajevima to znači da će također biti potrebno izvršiti resekciju crijeva ili crijeva kada se cista ukloni. Omentalne ciste, koje se obično nalaze na prednjoj stijenci trbuha, obično se mogu ukloniti bez ikakvog dodatnog utjecaja na obližnje organe.