U većini slučajeva, gastrointestinalna infekcija će nestati sama nakon nekoliko dana i ne zahtijeva nikakav poseban medicinski tretman. Važna je pravilna hidratacija, stoga tijekom oporavka treba unositi puno tekućine. Za liječenje mučnine povezane s gastrointestinalnom infekcijom mogu se koristiti lijekovi koji se izdaju bez recepta ili na recept, iako se obično ne preporučuju lijekovi za liječenje proljeva. Ovisno o uzroku infekcije, mogu se propisati antibiotici, antivirusni lijekovi ili lijekovi protiv parazita. O svim specifičnim pitanjima ili nedoumicama o najboljim mogućnostima liječenja gastrointestinalnih infekcija za pojedinačnu situaciju treba razgovarati s liječnikom ili drugim medicinskim stručnjakom.
Održavanje pravilne hidratacije jedna je od glavnih briga kada je prisutna gastrointestinalna infekcija. Pijenje puno tekućine često je dovoljno da spriječi dehidraciju. Uz vodu i voćne sokove može se preporučiti juha ili juha. Kombinacijom ove hrane i pića u tijelu se zamjenjuju i tekućine i elektroliti. Ako dođe do dehidracije, pacijent će možda morati primati intravenske tekućine u bolničkom okruženju.
Mučnina i proljev najčešći su simptomi povezani s gastrointestinalnom infekcijom. Ako mučnina postane jaka i teško je zadržati tekućinu, lijekovi protiv mučnine koji se izdaju bez recepta ili na recept mogu biti od pomoći. Upotreba lijekova namijenjenih liječenju proljeva obično se ne preporučuje, jer bi to usporilo izlazak izvora infekcije.
Antibiotici se inače ne propisuju za bakterijsku gastrointestinalnu infekciju kod inače zdrave osobe. Ovi lijekovi imaju tendenciju povećanja ozbiljnosti simptoma kao što je proljev. Onima s oslabljenim imunološkim sustavom mogu se dati antibiotici, jer bi koristi tada bile veće od potencijalnih rizika. Antiparazitski lijekovi mogu se propisati ako se utvrdi da je infekcija uzrokovana parazitom, ili se mogu propisati antivirusni lijekovi za virusne infekcije.
Najbolje mogućnosti liječenja tijekom gastrointestinalne infekcije obično su adekvatan unos tekućine i dosta odmora. Ovo je relativno česta nevolja i uglavnom će se sama riješiti unutar tjedan dana. Ako simptomi potraju ili postanu teški, potrebno je konzultirati liječnika radi daljnje medicinske procjene. Mogu se davati lijekovi koji pomažu u ublažavanju simptoma ili može biti indiciran kratak boravak u bolnici ako dehidracija postane teška i ako se ne može adekvatno liječiti kod kuće. Uvijek je najbolje da infekciju dijagnosticira liječnik, jer neka ozbiljnija medicinska stanja mogu imati slične simptome.