Kako su ciste epifize obično benigne, obično se zanemaruju. Ako se nastavi, najčešće liječenje je kirurško uklanjanje. Liječenje je obično potrebno samo u iznimno rijetkim situacijama kada je cista toliko narasla da ometa pravilnu funkciju drugih dijelova mozga. U vrlo rijetkim slučajevima može se ukloniti zbog raka.
Postoje dvije osnovne vrste liječenja ciste epifize koja izgleda problematično. Ako liječnik želi pregledati materijal iz izrasline, obično će se prikupiti biopsijom. U težim slučajevima, što je moguće veći dio ciste može se ukloniti iz mozga prije pregleda tkiva.
Cista epifize najčešće se otkriva tijekom magnetske rezonancije (MRI) ili kompjuterizirane aksijalne tomografije (CAT) koja se provodi iz drugog razloga. U većini slučajeva, liječnik će primijetiti veličinu ciste i pokušati utvrditi ima li obilježja tumora. Ako se može utvrditi da je izraslina benigna, tada obično nema potrebe za liječenjem. U mnogim slučajevima, liječnik će htjeti povremeno provjeravati je li cista narasla. Ako nastavi rasti, tada se može izvesti kirurški zahvat kako bi se uklonio prije nego što postane dovoljno velik da uzrokuje probleme.
Kada se skeniranjem ne može utvrditi da je izraslina benigna masa poput ciste epifize, tada je biopsija obično sljedeći korak. U tom slučaju, operacija za potpuno uklanjanje mase bit će izvedena samo ako se utvrdi da je kancerogena. Kada postoji velika masa, najčešće se uklanja bez prethodnog pregleda materijala, osobito ako uzrokuje ozbiljne probleme.
U rijetkim situacijama, epifiza cista može biti simptomatska. To je obično zato što je cista toliko narasla da se pritisnula u druge dijelove mozga. Takav rast može uzrokovati simptome u rasponu težine od mučnine i glavobolje do kome. Velike ciste epifize također mogu uzrokovati probleme s vidom.
Epifiza cista je izraslina s glatkim stranama koja se pojavljuje na ili blizu epifize. To je česta pojava, a vrećice ispunjene tekućinom obično su male. U mnogim slučajevima ne otkrivaju se sve do smrti od drugih uzroka. Mogu se naći u bilo kojoj dobi, ali su češći u bolesnika srednje dobi. Ciste su također nešto češće kod žena.