Marker molekularne težine je molekula koja se koristi za procjenu veličine molekula podvrgnutih gel elektroforezi. Ovo je tehnika u kojoj se DNK, RNA ili proteini razdvajaju po veličini, pomoću električne struje na gelu. Ovaj se pojam ne smije miješati s molekularnim markerima u genetici — područjima u kojima se DNK organizma razlikuje od ostatka populacije i može se identificirati pomoću DNK sonde.
Markeri molekularne težine proteina obično se koriste kada se proteini odvajaju gel elektroforezom. Marker molekularne težine je skupina proteina poznate molekularne težine, koje općenito osiguravaju biotehnološke tvrtke u određenom rasponu veličina. Raspon veličina odabire se na temelju uzoraka koji se proučavaju. Markeri molekularne težine se skupljaju i odvajaju tijekom trčanja. Mjerenjem udaljenosti koju prijeđu markeri i protein od interesa, može se odrediti veličina eksperimentalnog proteina.
Različite vrste markera mogu se vizualizirati na različite načine. Neki od molekularnih markera nisu označeni i obojeni su u gelu s ostatkom proteina. Ne vide se dok se cijeli gel ne zamrlja. Druge vrste proteinskih molekularnih markera dolaze prethodno obojene bojama, a svaka vrsta proteina je različite boje. Odvajanje je vidljivo dok gel radi.
Jedna prednost prethodno obojenog markera molekularne težine je Western blot. Ovo je tehnika u kojoj se proteini prenose na membranu, a zatim se boje antitijelima kako bi se otkrio određeni protein. Posjedovanje markera u boji pomaže odrediti je li prijenos proteina završen prije nego što se nastavi s ostatkom postupka.
Markeri molekularne težine obično se koriste za analizu DNK na gelovima. Često se molekularni markeri DNK izrađuju od lambda bakterijskog virusa. Restrikcione enzime stvaraju bakterije za probavu DNK invazivnih organizama, a restrikcijski enzim HindIII se često koristi za razgradnju lambda DNK. Proizvodi niz reproducibilnih fragmenata različite veličine poznatih kao DNK ljestve. Usporedbom udaljenosti koju pređu standardi na logaritamskoj skali, može se odrediti veličina fragmenata DNA koji se analiziraju.
Ovaj marker molekularne težine DNK može se koristiti za analizu veličine DNK proizvedene tijekom izolacije gena i u eksperimentima genetskog inženjeringa. Također se može koristiti tijekom lančane reakcije polimeraze (PCR), u kojoj se male količine DNA ili RNA umnožavaju kako bi se proizvele velike količine proizvoda. PCR tehnike se obično povezuju s testiranjem očinstva i forenzičkom znanošću, ali su također vrlo česte u medicinskim i temeljnim biološkim istraživanjima. Posebni markeri molekularne težine dostupni su za manje proizvode generirane iz nekih vrsta PCR ili malih RNA molekula.