Mezoderm je jedan od tri glavna sloja u embriju u razvoju, koji se naziva slojevima zametnih stanica. Ostali slojevi zametnih stanica su endoderm i ektoderm. Kada se embrij razvije, iz ovih slojeva zametnih stanica razvijaju se različiti organi i dijelovi tijela. Iz mezoderma se razvijaju mišići, kosti, dio kožnog tkiva, vezivna tkiva, reproduktivni i mokraćni sustav i drugi unutarnji organi. Embriji svih složenih životinja, uključujući ljude, sadrže mezodermalne slojeve u svom ranom razvoju.
Način na koji mezoderm funkcionira u razvoju embrija reprezentativan je za složeni proces kojim se ljudi i drugi kralježnjaci razvijaju u maternici. Svaki od različitih slojeva u ranom embriju počinje kao relativno jednostavne strukture, a zatim se mijenja i raste kako bi formirao brojne međusobno povezane dijelove potrebne za stvaranje funkcionalnog živog bića. Svaki sloj postaje organi i tkivo koji su ovisni o tkivima i organima stvorenim u drugim slojevima, tako da se razvoj svakog sloja mora odvijati ispravno kako bi se razvio u održiv fetus.
Unutar samog mezoderma nalaze se dodatni slojevi koji se tijekom gestacije diferenciraju u različite organe i dijelove tijela. Svaka od ovih podjela razvija se u drugačiji skup organa i drugih tjelesnih tkiva. Druga dva sloja, ektoderm i endoderm, na kraju postaju vanjsko tkivo kao što su koža i zubi (ektoderm) i unutarnje tkivo koje oblaže većinu unutarnjih organa (endoderm). Ovaj proces razvoja sličan je kod većine kralježnjaka.
Jedan od slojeva mezoderma je bočni pločasti mezoderm. Ovaj dio embrionalnog tkiva dijeli se na slojeve koji se razvijaju u tjelesnu stijenku, kao i stijenku crijeva i krvožilni sustav. Drugi sloj, srednji mezoderm, postaje mokraćni i reproduktivni sustav. Paraksijalni mezoderm postaje mišići lica, kralješci, skeletni mišići i sloj dermisa kože. Hordamezoderm, ili aksijalni mezoderm, razvija se u različite dijelove kralježnice.
Još jedna prednost ovog načina razvoja je da se coelom, ili tjelesna šupljina, formira rano u procesu. Unutar ove šupljine postoji prostor za razvoj različitih unutarnjih organa. Kada je životinja zrela, u tjelesnoj šupljini, smještenoj u trbuhu, nalazi se većina vitalnih organa, pružajući zaštitu tako osjetljivim i važnim dijelovima tijela kao što su srce, pluća i crijeva. Obloga trbušne šupljine, nazvana peritoneum, također je izvedena iz mezoderma tijekom ranog razvoja.