Micelij je vegetativni dio gljive, što znači da je to dio koji se razmnožava aseksualnim razmnožavanjem. Sastoji se od mreže hifa, granastih ili račvastih struktura nalik na niti. Ovisno o vrsti gljive i koliko je dobro razvijena, micelija može biti vidljiva ili mikroskopska. Plijesan koja raste na hrani koja se raspada, na primjer, vidljiv je oblik.
Osim za aseksualno razmnožavanje, micelij je odgovoran za apsorpciju hranjivih tvari iz okoliša. Otpušta enzime u okolni okoliš kako bi razgradili izvor hrane u probavljiv oblik, a zatim ga apsorbira. Ovaj proces također pomaže u razgradnji mrtvog biljnog materijala i drugog organskog materijala. Materijal također može pomoći u obnovi tla kroz ovaj proces, na primjer razgradnjom zagađivača kao što su pesticidi. Neki micelije pomažu biljkama da učinkovitije apsorbiraju vodu i hranjive tvari, a drugi su također važan izvor hrane za beskralježnjake koji žive u tlu.
Micelija također može biti izuzetno opsežna. Jedna zloglasna kolonija gljivica u šumi istočnog Oregona nekoć je pokrivala 2,400 hektara (9.7 četvornih kilometara). Narasla je do takve veličine tijekom oko 2,200 godina i mnogo puta ubila rast biljaka u šumi, svaki put dovodeći do dubljih slojeva tla koji su mogli izdržati rast sve većih i većih stabala.
Ponekad se micelij koristi u poljoprivredi ili uređenju okoliša. Osim svoje sposobnosti da nadoknade hranjive tvari, neke vrste gljiva stvaraju simbiotski odnos, nazvan mikoriza, s korijenjem biljke. Biljka i gljiva pomažu jedna drugoj u primanju hranjivih tvari koje nisu mogle dobiti same. Mycelia se također može koristiti kao organski filtar za tlo ili vodu u procesu koji se naziva mikofiltracija, u kojem micelijska prostirka sprječava štetne kemikalije i mikroorganizme. Također se ponekad koriste za držanje novog tla na neasfaltiranim cestama.
Neke vrste gljiva koriste spolno razmnožavanje kao i aseksualno razmnožavanje. Dio gljive koji se spolno razmnožava proizlazi iz micelija i naziva se sporokarp ili plodište. Plodna tijela mnogih različitih vrsta gljiva poznata su kao gljive ili tartufi, iako postoje i neke druge vrste.