Mikrofauna su male životinje i jednostanični organizmi vidljivi samo pod mikroskopom. Obično se definiraju kao stvorenja manja od 0.1 mm (100 mikrona) u veličini, s mezofaunom kao organizmima veličine između 0.1 mm i 2 mm, iako definicije mogu varirati.
U tlu se mikrofauna može naći u velikom broju – općenito nekoliko tisuća po gramu. Svatko može uzeti malo vlažnog tla, staviti ga pod mikroskop i pronaći te organizme. Neki od najčešćih i najvažnijih primjera su protozoe (jednostanični eukarioti), grinje (među najraznovrsnijim i najuspješnijima od svih životinja), repice (srodne kukcima), nematode (prozirna crvolika stvorenja), rotifere (nazvane po svojim kotačima). cilijarni usni aparat) i tardigradi, također poznati kao “vodeni medvjedi”, jedan od najotpornijih organizama u prirodi. Mikrofauna se može naći širom svijeta, gdje god ima vlažnog tla, ali i na nekim drugim mjestima. Proljetni repovi pronađeni su u McMurdo Suhim dolinama na Antarktiku, jednom od najhladnijih i najsušnijih mjesta na Zemlji.
Mikrofaunu prati mikroflora, koja uključuje alge, bakterije, gljive i kvasce, sposobne probaviti gotovo sve organske tvari, te neke anorganske tvari, poput TNT-a i sintetičke gume.
Veće životinje koje se također nalaze u tlu nazivaju se mezofaunom, kao što su gliste, člankonošci i velike nematode, te makrofauna, koja uključuje sisavce koji ropaju poput krtica i zečeva. Mikrofauna je najmanje shvaćena o životu tla, zbog svoje male veličine i velike raznolikosti. Mnogi su pripadnici takozvanih “kriptozoa”, životinja koje znanost i dalje ne opisuje. Od procijenjenih 10-20 milijuna životinjskih vrsta u svijetu, samo 1.8 milijuna dobilo je znanstvena imena, a mnogi od preostalih milijuna vjerojatno pripadaju ovoj skupini, od kojih su mnogi u tropima.
Mikrofauna živi u sitnim porama između zrnaca tla, a mnoge su vodene. Neki su sjedeći, što znači da se cijeli život vežu za podlogu i nikada se ne pomiču. Ove životinje oplode svoje partnere oslobađanjem sperme s trepavicama, dok same ostaju na mjestu. Mogu se naći i na ljudskom tijelu, a prosječni ljudski dom ima tisuće grinja koje žive probavljajući mrtve stanice kože.