Riječ “mikroflora” odnosi se na zbirku živih mikroskopskih organizama koji cvjetaju unutar organa živih bića. Ovi mikrobi, koji postoje na mjestima kao što su želudac, ždrijelo i rodnica, uključuju gljivice, bakterije i viruse; djeluju kao zaštitni agensi koji jačaju imunološki sustav ili destruktivni agensi koji slabe tijelo. Neki okoliši ugošćuju mikrofloru koja uključuje viruse i crve. Stanovnici mikroflore, koji se nazivaju i mikrobiota, mogu biti korisni ili zlonamjerni ovisno o tome jesu li anaerobni ili aerobni. Korijen riječi “flora” sugerira da se mikroflora odnosi na mikrobe koji žive u cvijeću; međutim, riječ je evoluirala i prvenstveno se odnosi na ekosustave unutar životinja.
Dobrotvorni i hranjivi mikrobi unutar većine mikroflora obično se nazivaju probioticima; oni su anaerobni. Bifidobakterije i laktobacili su dva najčešća probiotika u mikroflori mnogih životinja. Laktobacile privlače okruženja s visokim udjelom šećera i škroba. Oni proizvode mliječnu kiselinu, koja, prema mnogim liječnicima, daje snagu mišićima dodatnom energijom; u nekim dijelovima tijela, laktobacili proizvode dezinficijens vodikov peroksid. Postojeći prvenstveno u crijevima, rodnici i mokraćnom traktu, bakterije laktobacila navodno pomažu pozitivnoj mikroflori tijela da se odbrani od patogena, mikroba koji uzrokuju bolesti.
Bifidobakterije, slično kao i laktobacili, također naseljavaju crijeva i rodnicu, stvarajući zaštitnu mliječnu kiselinu. Ove bakterije su poznate po sprječavanju čira i proljeva kada ih ima u dovoljnom obilju. Oni također navodno pomažu u ublažavanju bolova u dojkama, ekcema i gripe. Rak, hepatitis i gljivične infekcije također pomažu bifidobakterije.
Mikroflora je najbolja kada je uravnotežena. Kad god je omjer probiotika izobličen, mogu nastati infekcije i bolesti zbog visokih koncentracija štetnih bakterija kao što su stafilokoki, kvasci i streptokoki; organi također mogu prestati ispravno funkcionirati. Loša prehrana, bolest i lijekovi poput kemoterapije mogu ubiti dobre bakterije i uništiti ravnotežu mikrobiote. Genetika, zagađivači okoliša i stres također mogu uništiti omjer bakterija.
Kako bi obnovili ovu ravnotežu ili je redovito očuvali, mnogi ljudi svoju prehranu povećavaju dodacima u prahu ili kapsulama koji sadrže probiotike. Pravilno doziranje ovisi o pojedincu i trenutnom omjeru dobrih i loših bakterija u tijelu. Mnogi korisnici eksperimentiraju s postupnim povećanjem preporučene doze sve dok ne uoče promjenu razine infekcije, iritacije ili energije.
Fermentirana hrana poput jogurta i alkohola često može dodati korisnu mikrofloru. Majčino mlijeko isporučuje visoke razine probiotika u mikrobiotu dojenčadi. Omjer dobrih bakterija i loših bakterija u crijevima i drugdje u tijelu je obično 85 posto prema 15 posto i za dojenčad i za odrasle.