Mikroskopska fotografija je znanost o stvaranju i snimanju slika mikroskopskog materijala. Široko se koristi u raznim područjima znanosti, od forenzike do arheologije. Rane metode mikroskopske fotografije uključivale su prilagodbu fotografske opreme za korištenje s mikroskopskim lećama. U 21. stoljeću napredak u digitalnoj fotografiji omogućuje veću fleksibilnost u stvaranju ovih slika. Mikroskopska fotografija se također naziva fotomikroskopija, a rezultat se naziva fotomikrografija ili jednostavno mikrograf.
Fotografija i mikroskopija proizašle su iz napretka u optici i konstrukciji leća u 17. do 19. stoljeću. Genijalne kombinacije zrcala i povećala donijele su male detalje slike u oštar fokus, baš kao što to čini ljudsko oko. U pravilnom rasporedu, takve leće i zrcala mogu povećati vrlo udaljene, kao u teleskopima, ili vrlo male. U 1800-ima, pionirski fotografi naučili su kako trajno snimati slike na metalne ili staklene površine, zvane ploče, putem kemijskih procesa. Znanstvenici su ubrzo shvatili da mogu upotrijebiti fotografiju za snimanje slika koje gledaju kroz svoje mikroskope.
Najranije fotografije mikroskopom bilježile su mikroskopske slike izravno na fotografske ploče. To je postignuto korištenjem adapterskih prstenova za pričvršćivanje mikroskopa na leću kamere. U nekim slučajevima, leća kamere je uklonjena, što je omogućilo mikroskopu da funkcionira kao sama leća. U 20. stoljeću razvijene su posebne kamere za snimanje mikrofotografija na fotografskom filmu. Standardne tehnike obrade fotografija tog vremena zahtijevale su uranjanje filma u kemikalije koje se razvijaju, što je uzrokovalo određeno kašnjenje prije nego što se slika mogla analizirati.
Tehnike digitalne fotografije promijenile su i mikroskopsku i mikroskopsku fotografiju. Moderne mikrofotografije mogu prikazati mikroskopski materijal u stvarnom vremenu, dok je još pod mikroskopom. Moguće je i video snimanje i integracija s računalnim sustavima, što može pomoći kada je potrebna detaljna analiza slike. Kriminalistički laboratoriji koriste takve mikrografije dok traže tragove s mjesta zločina. Ovo je vjerojatno najpoznatija upotreba fotomikroskopije, zahvaljujući TV kriminalističkim dramama.
Međutim, mikroskopska fotografija ima i druge primjene i rezultirala je napretkom u brojnim znanstvenim područjima. Na primjer, geolozi ispituju mikroskopske uzorke tla u potrazi za dokazima o atmosferskim i okolišnim uvjetima u različitim povijesnim razdobljima. Medicina i imunologija također ovise o mikrofotografijama za istraživanje, dijagnozu i liječenje bolesti. Elektronski mikroskopi koriste elektrone, a ne svjetlost za ispitivanje materijala, uključujući stanične i molekularne strukture, pri daleko većim povećanjima od običnih mikroskopa. Slike stvorene elektronskim mikroskopima nazivaju se i mikrografije.