Molekularna filogenetika je proučavanje organizama na molekularnoj razini radi prikupljanja informacija o filogenetskim odnosima između različitih organizama. Ova se disciplina koristi za mapiranje evolucijske povijesti organizma ili skupine organizama. Za one koji su se pitali zašto znanstvenici mogu biti tako precizni kada daju procjene kada su se dogodili različiti događaji u evolucijskoj povijesti, odgovor leži u molekularnoj filogenetici.
Ova grana znanosti oslanja se na činjenicu da je genetska promjena konstanta. Sa svakom generacijom, organizmi se neznatno mijenjaju, a stopa promjena obično je konstantna i pouzdana. Koristeći ove informacije, ljudi mogu usporediti genetske informacije između različitih vrsta i odrediti kada su se odvojile jedna od druge ispitujući njihov stupanj sličnosti i različitosti. Istraživači također mogu koristiti ove informacije za konstruiranje evolucijske vremenske linije.
Na primjer, ako se ispita DNK mačke i DNK ptice, bit će značajne razlike, što ukazuje da su se dvije vrste davno razišle. Nasuprot tome, mačka i štakor mogu imati više sličnosti, pokazujući novijeg zajedničkog pretka. Molekularna filogenetika može se koristiti za konstruiranje filogenetskog stabla, u kojem je zajednički predak prikazan kao korijen, a grane opisuju odstupanja koja su se dogodila tijekom vremena.
Ispitivanje genetskog materijala živih vrsta može otkriti zanimljive informacije o zajedničkim precima i kada su se vrste odvojile od svojih zajedničkih predaka. Na primjer, čini se da su ljudi povezani s velikim majmunima, ali su oni bliži s nekim majmunima od drugih, što ilustrira da su se ljudska i majmunska vrsta odvojile od svog zajedničkog pretka u različitim točkama. Koristeći informacije o razlikama između srodnih vrsta i poznatoj stopi genetskih promjena, istraživači mogu pretpostaviti kada su se dogodila različita odstupanja od zajedničkog pretka.
Molekularna filogenetika ne može objasniti zašto dolazi do evolucije, ali se može koristiti za praćenje puta evolucije kako bi se saznalo više o povijesti života na Zemlji. Istraživači zainteresirani za teme poput zašto su razni organizmi izumrli, koji su pritisci potaknuli evoluciju kod drugih i kako je uopće nastao život na Zemlji, mogu koristiti molekularnu filogenetiku kao dio svojih alata za prikupljanje informacija.
Nekoliko istraživača je zaslužno za citat koji otprilike ide uzduž linije “ništa o životu na Zemlji nema smisla bez evolucije”, pozivajući se na složenost života na Zemlji, očitu povijest pronađenu u fosilnom zapisu i povijest pronađenu u DNK organizama od gljiva jež do plavih kitova. Molekularna filogenetika se koristi za raspetljavanje složene mreže evolucije kako bi evolucija imala smisla za istraživače.