Niša matičnih stanica u osnovi je mjesto unutar tijela u kojem se mogu pronaći matične stanice. Izraz se tehnički odnosi na specifični dio svakog općeg područja tkiva za koje se vjeruje da sadrži matične stanice. Mnoga različita mjesta u tijelu odraslog čovjeka sadrže nišu matičnih stanica, kao što su koštana srž, koža i jetra. Osim toga, matične stanice postoje u izobilju u embrijima. Matične stanice su u osnovi nespecijalizirane stanice koje kasnije mogu naučiti obavljati specijaliziranu funkciju i time popraviti oštećeno tkivo.
Specifično mikro okruženje koje je dom matičnim stanicama naziva se niša matičnih stanica. Kod ljudi, niše matičnih stanica mogu se naći u koštanoj srži, mozgu, krvnim žilama i srcu, među ostalim mjestima. Muški testisi i jajnici žene također sadrže nišu matičnih stanica, kao i pupkovina koja povezuje majku s bebom. Kada se matična stanica ukloni iz svoje niše, nije u stanju podijeliti se, što je neophodno ako se želi prilagoditi kako bi ispunila drugu funkciju u tijelu. Znanstvenici traže načine za uzgoj više matičnih stanica koristeći “kulturu stanica”.
Obično, matične stanice zauzimaju nišu matičnih stanica sve dok ih tijelo ne zatreba za zamjenu oštećenog tkiva. Unutar niše, matične stanice se obično ne dijele, ostaju u mirovanju dok ne budu potrebne. Niša matičnih stanica tehnički je specifično mjesto unutar svakog općeg područja tkiva u kojem se nalaze matične stanice. Na primjer, unutar koštane srži matične stanice se nalaze u blizini stanica osteoblastične obloge.
Znanstvenici traže nova mjesta u niši matičnih stanica zbog prednosti koje bi matične stanice mogle imati za medicinu. Matične stanice su u biti stanice koje još nisu razvile specijaliziranu funkciju služenja unutar tijela. Ova činjenica znači da se jedna matična stanica može pretvoriti u neuron, specijaliziranu moždanu stanicu ili stanicu gušterače koja luči inzulin, ovisno o tome kako se uzgaja. Kokteli različitih kemikalija dodaju se prilikom uzgoja matičnih stanica kako bi se simuliralo specifično okruženje u kojem su potrebne za funkcioniranje.
Neke niše matičnih stanica nalaze se unutar embrionalnih fetusa. Razlog tome je što mnogo manje stanica koje čine fetus ima specijalizirane funkcije jer se još uvijek razvijaju. Ove vrste niša matičnih stanica sadrže više korisnih matičnih stanica jer se ne moraju “ponovno osnažiti” prije upotrebe. Međutim, korištenje embrija učinilo je istraživanje matičnih stanica kontroverznom temom.