Organski uzgojene biljke su one proizvedene bez upotrebe umjetnih proizvoda; obično gnojiva, pesticide i herbicide. Umjesto toga, sve što se primjenjuje na takve usjeve mora se odvijati prirodno, što često znači da je za proizvodnju tih usjeva potrebno više rada, ali uzgajivač jamči da ih nije dotakla umjetna kemikalija. Organska lucerna je jedna takva kultura, a može se uzgajati kao hrana za stoku koja se koristi za proizvodnju hrane ili pretvara u dodatke prehrani za ljude.
Prilikom proizvodnje organskih usjeva, korovi mogu postati ozbiljan problem ako se ne suzbijaju na odgovarajući način. Jedna od metoda minimiziranja rasta korova je da se polje kontinuirano zasađuje bilo organskom lucernom ili pokrovnim usjevom, kao što je zobena trava. Ova metoda održava područje prekriveno poželjnom biljkom koja obično dolazi u gusto i brzo raste, gušeći većinu korova prije nego što mogu započeti. Neposredno prije nego što dođe vrijeme za sadnju lucerne, zobena trava se zaore i pusti da istrune tako da služi i kao gnojivo, ili ono što se obično naziva zelena gnojiva, i osigurava hranjive tvari za novi usjev.
Organska lucerna se također obično gnoji starim stajskim gnojem iz štala za konje ili goveda ili starim organskim kompostom koji može uključivati istrunulu pokošenu travu i kuhinjski otpad kao i drugi biljni materijal. Važno je da sve što se doda kompostu bude organsko, budući da kemijski zagađivači u bilo kojoj fazi procesa mogu značiti da dobivena lucerna više nije uistinu organska. Većina uzgajivača organskih usjeva pedantna je u vezi s takvim stvarima i jako se trudi izbjeći bilo kakvu mogućnost da neorganski materijali dođu u dodir s njihovim usjevima.
Budući da su kemijski pesticidi definitivno stvoreni od strane čovjeka, uzgajivači organske lucerne moraju pronaći druge načine borbe protiv štetnika koji su privučeni na polja. Jedna vrlo popularna metoda je korištenje prirodnih kontrola, posebno grabežljivih insekata koji hvataju one kukce koje bi inače mogle uništiti organski usjev lucerne. Bubamare, određene ose, gusarske bube i bogomoljke koriste se za suzbijanje raznih štetnika bez potrebe za primjenom kemikalija koje mogu biti opasne.
Unatoč višoj cijeni organske lucerne, dijelom zato što je skuplja za proizvodnju, mnogi ljudi smatraju da je vrijedno dodatnog troška kako bi se izbjegle zdravstvene brige koje prate toliki broj umjetnih proizvoda koji su u uobičajenoj upotrebi. Kada se lucerna koristi kao hrana za životinje, nema šanse da se nezdravi pesticidi ili druge kemikalije nakupljaju u mesu ili mlijeku životinja koje proizvode hranu. U nekim slučajevima organska lucerna se koristi za izradu dodatka prehrani za ljude, a čini se da većina ljudi koji se odluče koristiti takve dodatke preferira da proizvod ne bude napravljen od lucerne koja je bila izložena potencijalno štetnim kemikalijama.