Organska vanilija obično se odnosi ili na mahune vanilije uzgojene organskim metodama ili na ekstrakt vanilije napravljen korištenjem takvih zrna uz pridržavanje daljnjih ekoloških smjernica. Iako tvrtka potencijalno može tvrditi da je vanilija organski uzgojena, većina tvrtki ima svoju vaniliju certificiranu kao organsku od strane vladine agencije. Različite agencije u različitim zemljama bave se takvim certificiranjem; u SAD-u to obično rješava Uprava za hranu i lijekove (FDA). Organska vanilija se obično mora uzgajati bez upotrebe neorganskih gnojiva, a upotreba pesticida i drugih kemikalija obično je zabranjena u uzgoju i preradi takve vanilije.
Svatko tko je zainteresiran za kupnju organske vanilije, u obliku zrna ili ekstrakta, trebao bi razmotriti certifikaciju svake tvrtke koja prodaje takvu vaniliju. Mahune vanilije mogu se uzgajati u mnogim različitim zemljama u različitim dijelovima svijeta; velike tvrtke koje distribuiraju mahune ili ekstrakt vanilije često dobivaju vaniliju s brojnih malih farmi. To može mnogim tvrtkama otežati kontrolu i praćenje metoda uzgoja i prerade takvih farmi. Budući da se te farme također nalaze u različitim zemljama, neke vladine agencije koje nadziru certifikaciju organske vanilije možda nisu prisutne u tim zemljama.
To znači da bi pravilno ispitivanje poljoprivrednih praksi za certifikaciju organske vanilije moglo biti prilično teško, pa bi svi koji žele kupiti takvu vaniliju trebali biti oprezni. Većina tvrtki daje informacije o tome kako je vanilija koju prodaju certificirana, uključujući vrstu certifikata i naziv agencije za ovjeravanje. Državne agencije koje certificiraju organsku hranu, kao što je FDA, često pružaju informacije o takvim postupcima certificiranja putem interneta ili kontaktiranjem agencije. To omogućuje ljudima da lakše uspoređuju različite vrste organske vanilije kako bi osigurali da vanilija koju kupuju ispunjava njihova očekivanja.
Organska vanilija se obično uzgaja koristeći samo organske proizvode i bez dodavanja kemikalija ili jakih pesticida. Gnojivo se možda uopće ne koristi za proizvodnju organskih proizvoda, iako neki uzgajivači mogu koristiti samo prirodna i organska gnojiva kako bi osigurali zdravo upravljanje zemljištem bez unošenja potencijalno štetnih kemikalija. Pesticidi su često glavni izvor kontroverzi između uzgajivača i potrošača, a većina ekoloških uzgajivača ne koristi pesticide ili koristi samo organske pesticide koji se lako ispiru s hrane. Organska zrna vanilije se zatim suše i obrađuju bez ikakvih drugih anorganskih dodataka, a organski proizveden ekstrakt vanilije koristi samo organski alkohol za proizvodnju ekstrakta.