Za svaku vrstu usjeva koji poljoprivrednik želi uzgajati organski, bez pomoći kemijskih gnojiva ili pesticida, predstavlja se različit niz poteškoća. Na primjer, proizvodnja profitabilnog prinosa organskog krumpira vjerojatno će zahtijevati više vremena i novca utrošenog prije tržišta i višu cijenu na štandu s proizvodima od onih koji se uzgajaju konvencionalnim sredstvima. Isplata je povrću u kojem nema potencijalno štetnih toksina za ljude i njihovu zemlju.
Centar za integrirane poljoprivredne sustave na Sveučilištu Wisconsin otkrio je tijekom istraživanja organskog krumpira iz 1990. godine da oni uzgojeni s kemijskim pesticidima, herbicidima i gnojivima, kao i genetski modificiranim sjemenkama, imaju veći prinos i manje troškove. U jednoj godini, konvencionalne farme u studiji dale su otprilike 32,800 lbs. (gotovo 15,000 kg) po hektaru krumpira, dok su organske farme davale oko 21,200 funti. (gotovo 10,000 kg) po hektaru. Također, farme organskog krumpira bile su nešto skuplje za rad, s prosječnom cijenom od 1,074 USD (USD) po hektaru, za razliku od 928 USD (USD) po hektaru za konvencionalne farme. Kako bi se natjecali, UW je primijetio da su ekološki poljoprivrednici morali dramatično podići cijene kako bi opravdali svoj rad.
Dodatni trošak i vrijeme povezani s uzgojem organskog krumpira uključuje nekoliko čimbenika. Umjesto da koriste kemijska gnojiva ili herbicide za suzbijanje bolesti krumpira, poljoprivrednici moraju saditi na poljima koja su godinu prije dala kukuruz ili lucernu kako bi spriječili određene bolesti. Poljoprivrednici moraju ručno uklanjati korov ili koristiti nekemijske lijekove za ubijanje korova, umjesto da herbicidima guše korov.
Možda najveća prijetnja organskom krumpiru su brojni štetnici koje ih privlače. Poljoprivrednici će obično koristiti potencijalno štetne insekticide kako bi otjerali kukce koje najviše privlače biljke. Prema Odjelu za entomologiju Sveučilišta u Kentuckyju, ove se greške mogu podijeliti na dva temelja. Nadzemne prijetnje su sitne lisne uši, krumpirove čičke i krumpirove zlatice. Ispod zemlje su jednako razorne bijele ličinke i smeđi žičani crvi. Ovo su samo najraširenije prijetnje u tom dijelu svijeta.
Organski krumpir zahtijeva posebna gnojiva, insekticide, upravljanje vlagom i plodored kako bi proizveo tržišni prinos. To će također vjerojatno značiti više vremena utrošenog na iskorjenjivanje štetočina i bolesti. Ipak, viša cijena na tržištu znači zdravije tlo na kojem se biljke uzgajaju – i zdraviju hranu na stolu.