Klorokin je lijek protiv malarije. Liječnici obično mogu izliječiti ljude koji su zaraženi parazitom malarije raznim lijekovima, uključujući i ovaj, ali ponekad je parazit imun na određeni lijek. U slučaju rezistencije na klorokin, čini se da je parazit evoluirao na način koji sprječava ulazak lijeka u stanicu parazita. Otpornost na klorokin važna je za kontrolu malarije u dijelovima svijeta gdje bolest postoji.
Četiri različite vrste parazita uzrokuju malariju. To su Plasmodium falciparum, P. vivax, P. malariae i P. ovale. Tri od ovih vrsta uzrokuju bolesti koje nisu opasne po život, ali P.falciparum potencijalno može ubiti zaražene ljude. U 1930-ima, znanstvenik iz tvrtke Bayer u Njemačkoj po imenu Hans Andersag identificirao je klorokin kao potencijalno korisnu kemikaliju. Postao je lijek za malariju 1946. Klorokin se, dakle, koristi desetljećima.
Ove vrste lijekova uvijek su dizajnirane da ciljaju jednu ili više specifičnih karakteristika parazita. U slučaju klorokina, čini se da su mete genetski materijal parazita te skladištenje i detoksifikacija određenih proizvoda. Uz sve ove akcije zajedno, lijek uspijeva ubiti parazita.
Međutim, da bi djelovao na parazita, klorokin mora ući u stanicu Plasmodium. Svaka pojedina stanica parazita ima staničnu strukturu, a jedna od značajki stanice je vakuola hrane, zatvorena područja u kojima se hrana koju stanica proguta razgrađuje. Upravo se u tim vakuolama hrane skupljaju molekule klorokina i javljaju se učinci lijeka. Znanstvenici vjeruju da lijek sprječava stanicu da skuplja otrovne otpadne produkte hrane i učini ih bezopasnim. Stanica tada umire od otrovnih molekula u njoj.
Bolesnici od malarije tijekom godina primali su klorokin i druge antimalarike. Parazit koji je izvorno bio osjetljiv na lijek razvio je otpornost na klorokin kao odgovor na njegove učinke. Čini se da je otpornost genetskog porijekla, a posljedica je određenih parazita koji su imali varijacije u genetskom materijalu koji je preživio liječenje klorokinom. Ove nove verzije parazita tada su postale prevladavajući tip u područjima gdje je tretman klorokinom ubio sve osjetljive plazmodije. Opasni oblik malarije, Plasmodium falciparum, otporan je na lijek u mnogim područjima, a P. vivax također može biti otporan.
Jedno od objašnjenja otpornosti na klorokin je da su geni parazita proizveli nove verzije molekula transportera. Ove molekule transportera pomažu u kretanju tvari, poput lijekova, kroz membrane. Jedna teorija o otpornosti na klorokin je da nove verzije transportera uspijevaju poslati molekule klorokina natrag iz vakuole kako bi se smanjila potencijalna šteta za parazita. Točan način na koji se Plasmodium odupire učincima lijeka nije, međutim, dobro poznat.