Apsces je rezultat nakupljanja gnoja u tkivu tijela koje je formiralo šupljinu zbog infekcije. Patofiziologija apscesa je niz imunoloških odgovora koji počinju migracijom bijelih krvnih stanica u infekciju i odvajanjem šupljine ispunjene tekućinom od okolnog, zdravog tkiva. Neki apscesi nastaju zbog začepljenih kanala u žlijezdama, dok su drugi uzrokovani inficiranim ozljedama, često bakterijom Staphylococcus aureus.
Patofiziologija apscesa počinje u oštećenom tkivu kada imunološki sustav sprječava širenje stranih tvari i potencijalno štetnih mikroorganizama. Tijekom infekcije, veliki broj bijelih krvnih stanica, osobito neutrofila, migrira u ugroženo tkivo. Oni to čine slijedeći signale citokina koji ih upozoravaju na staničnu smrt i ozljedu. Gnoj, mješavina mrtvih stanica i kemijskih medijatora imunološkog odgovora, ispunjava područje oko mjesta, koje je od zdravog tkiva odvojeno stvaranjem stijenke apscesa. Patofiziologija apscesa može uzrokovati po život opasne posljedice ako se u organima poput jetre formiraju šupljine.
U epiduralnom apscesu, gnoj se nakuplja iznad vanjske duralne membrane koja prekriva mozak i kralježnicu, oteknuvši uz lubanje ili kralježnicu. Ove rijetke infekcije vjerojatnije su duž leđne moždine nego u lubanji. Patofiziologija apscesa u lubanji ili kralježnici često je komplicirana oštećenjem neuralnog tkiva uslijed pritiska tekućine kako se oteklina povećava. Apsces zuba dolazi od lokalne infekcije u čeljusti, oko živca koji čini korijen zuba. Uzrokuje intenzivnu bol, a ako pukne, može poslati bakterije u krvotok, riskirajući sustavnu infekciju.
Začepljenje žlijezda može zatvoriti područje tkiva koje omogućuje stvaranje apscesa ako se inficira. Različiti mikroorganizmi mogu potaknuti patofiziologiju Bartholinovog apscesa, bolne otekline u Bartholinovoj žlijezdi u rodnici. Ako žlijezde, odgovorne za zdrav vaginalni sekret, razviju začepljen kanal, tekućina se može nakupiti tijekom vremena. Bakterije tada mogu zaraziti natečenu žlijezdu do te mjere da postane vrlo osjetljiva. Slično, kožni apscesi ili čirevi mogu nastati zbog začepljene žlijezde znojnice koja je postala zaražena.
Razlike u patofiziologiji apscesa ne utječu uvelike na osnovno liječenje. Budući da Staphylococcus aureus obično uzrokuje apscese, tradicionalni antibiotski tretmani su pratili operaciju kao dva temelja medicinske skrbi. No kako je ovaj organizam evoluirao u Staphylococcus aureas (MRSA) otporan na meticilin, raspon antibiotika koji se koriste za smanjenje komplikacija je povećan. Mnogi apscesi, osobito veći, zahtijevat će kirurško liječenje kako bi se postojeći gnoj iz rane isušio radi pravilnog zacjeljivanja. To je često istina bez obzira na specifičan uzrok infekcije.