Peraje su fleksibilni dodaci koji se protežu od tijela ribe ili druge vodene životinje, poput dupina i određenih kitova. Imaju nekoliko funkcija, uključujući pomoć u pogonu i stabilnosti. Postoje dvije vrste peraja: srednje i uparene. Srednje peraje su leđne, repne i analne peraje, a uparene peraje su prsne i zdjelične ili trbušne peraje. Nemaju sve ribe isti broj ili tip peraja, kao što je američka jegulja, koja ima jednu kontinuiranu repnu peraju koja je spoj leđne, repne i analne peraje.
Srednje peraje su asimetrične i rastu na ribljim leđima, na kraju dugog, mišićavog repa i na donjem rubu repa iza anusa. Leđne peraje rastu iz ribljeg leđa i mogu biti prednje ili stražnje peraje. Prednje peraje se nalaze bliže glavi ribe, a stražnje su bliže repu. Riba može imati jednu do tri leđne peraje.
Repna ili repna peraja može biti heterocerkalna ili homocerkalna. Heterocerkalni rep ima veći gornji režanj, a kralježak se proteže u gornji režanj. Rep morskog psa dobar je primjer heterocerkalnog oblika repa. Homocerkalni rep ima dva simetrična ili gotovo simetrična režnja.
Analne peraje su smještene na stražnjem donjem dijelu ribe, smještene iza anusa i iza prsnih peraja sa strane ribe. Nemaju sve ribe kompletan set peraja. Neke ribe koje obitavaju u uskim područjima kao što su jazbine i pukotine izgubile su leđne i analne peraje tijekom evolucije.
Uparene peraje slične su rukama i nogama u ljudskoj anatomiji. Prsni kosti rastu odmah iza škrga i usporedivi su s nečijim rukama. Zdjelične peraje su na donjem dijelu tijela i slične su nogama osobe. Neke ribe, kao što je atlantski mudskiper, mogu hodati koristeći prsne ili zdjelične peraje.
Peraje imaju nekoliko funkcija. Tipično, leđne i analne peraje djeluju kao kobilice, a uparene peraje funkcioniraju kao kormila. Dok su neke ribe izgubile određene peraje tijekom evolucije, druge vrste riba razvile su peraje koje su specijaliziranije. Na primjer, leteća riba ima prevelike leđne i analne peraje koje podupiru tjelesnu težinu ribe u trenucima letenja poput leta. Riba lav ima dugu, tekuću leđnu peraju koja sadrži otrovne bodlje, koje je štite od grabežljivaca.
Osim što ribu drže stabilnom u vodi, peraje su sredstvo za pogon. Rep ili repna peraja obično je izvor energije ribe. Oblik repne peraje može ukazivati na vrstu plivača koja je riba. Najbrži plivači imaju repne peraje u obliku polumjeseca; kontinuirani plivači imaju račvaste repne peraje, a brži plivači imaju dublju vilicu. Snažni, spori plivači općenito imaju skraćene ili zaobljene repne peraje.
Ostale funkcije peraja uključuju kušanje i dodirivanje, posebno prsnih peraja. Riba remora ima peraju na vrhu glave koja djeluje poput usisne čašice i omogućuje joj da se pričvrsti za veće ribe, kao što su morski psi ili kitovi. Kroz evoluciju, duhovna lulačka je razvila vrećicu za nošenje jaja za trbuh. Torbica je napravljena od dvije peraje koje su postale jedno. Neke ribe, poput lososa i soma, imaju masnu, mlitavu peraju koja se naziva masna peraja.