U biokemiji se izraz pirofosfat (PPi) koristi za označavanje kemijskih spojeva koji obuhvaćaju estere, soli i anion pirofosforne kiseline. Potonji, budući da je negativno nabijena bezvodna kiselina fosfata, postaje reaktivan kada se zagrijava. Međutim, kada je suspendiran u vodi, anion pirofosforne kiseline također lako pokreće podjelu molekula vode na vodikove i hidroksidne ione u procesu zvanom pirofosforoliza, koji daje anorganski fosfat. Točnije, to uključuje pretvorbu staničnog adenozin trifosfata (ATP) u adenozin monofosfat (AMP).
Odstupanja u energetskom opterećenju u reakcijama fosforilacije s proteinima i drugim organskim molekulama proizvode različite oblike pirofosfata. Međutim, konačni rezultat uvijek će sadržavati jedan od ovih iona. Na primjer, farnezil pirofosfat se dobiva sintezom ugljikovodika poznatih kao terpeni. Dimetilalil pirofosfat je nusprodukt mevalonske kiseline.
Iako su ovi spojevi neophodni za normalno funkcioniranje stanica u gotovo svim živim organizmima, oni također igraju važnu ulogu u industrijskoj kemiji. Na primjer, dinatrijev pirofosfat se koristi u obradi kože kako bi se spriječila oksidacija koja može dovesti do mrlja od željeznih oksida. Također se koristi za poboljšanje fluidnosti cementa i nafte kada se doda da djeluje kao plastifikator. Ova se tvar također dodaje dizanim pekarskim proizvodima te mesnim konzervama i plodovima mora kao kelat za regulaciju pH otopine za konzerviranje.
Natrijev pirofosfat ima mnoge primjene u prehrambenoj industriji kao kelant i sredstvo za zgušnjavanje. U kombinaciji s kukuruznim škrobom, primarni je sastojak Bakewell praška za pecivo, koji je postao poznat tijekom Drugog svjetskog rata kada je obični prašak za pecivo postao rijedak. Ovaj prah se i danas prodaje kao bezglutenska alternativa prašku za pecivo i kremi od kamenca. Također je uobičajen aditiv za hranu koji se nalazi u smrznutoj hrani, gotovim pudinzima i nekim proizvodima na bazi soje.
Ovaj prah je također koristan kao sredstvo za disperziju i prevencija oksidacije. Zapravo, nekoć se obično koristio u deterdžentima za pranje rublja za uklanjanje i sprječavanje ponovnog taloženja mrlja. Međutim, ova praksa je uglavnom prekinuta 1970-ih zbog negativnog utjecaja na okoliš ispuštanja fosfata u vodene putove. Još uvijek se koristi kao sredstvo za odvraćanje mrlja u komercijalnim pastama za zube, osim što pomaže u uklanjanju kamenca i plaka sa zuba.
Kalcijev pirofosfat također je aditiv za zubni konac i pastu za zube, iako je ovaj kemijski spoj najpoznatiji po olakšavanju artritisnog stanja zvanog bolest taloženja kalcijevog pirofosfata (CPDD) zbog nakupljanja kristala dihidrata u sinovijalnoj tekućini i tkivu koje okružuje zglobove. Kao rezultat toga dolazi do upale koja uzrokuje bol i otežano kretanje. Iako točan mehanizam iza ove bolesti još nije jasan, sumnja se da bi mogla biti povezana s povišenim razinama ATP-a.