Godine 1620., kada su hodočasnici stigli u Novu Englesku, pleme Pequot nalazilo se u blizini na rijeci Temzi u Connecticutu. Pequot su bili pod vodstvom sachema, ili glavnog poglavice po imenu Sassacus. U plemenu je došlo do pobune koju je predvodio podpoglavar po imenu Uncas oko toga kako odgovoriti na europsko naselje. Uncas je raskinuo s Piquetom i odveo svoje sljedbenike u drugo selo gdje je osnovao Indijansko pleme Mohegan. Uncas je sklopio savez s bijelim naseljenicima, a nakon poraza Pequota u Pequot ratu 1637., postao je poglavar i Mohegana i preostalih Pequota.
Poput drugih domorodaca sa sjevera, pleme Mohegan živjelo je uz vodu u wigwamima i dugim kućama izgrađenim od stupova prekrivenih korom. Lovili su, pecali, uzgajali i putovali u kanuima od brezove kore. Ostali su saveznici Engleza protiv Francuza i uspjeli su zadržati svoju zemlju i autonomiju dulje od mnogih svojih susjeda, ali su na kraju veliki dio njihove zemlje zauzeli bijeli doseljenici.
U osamnaestom stoljeću, mnogi članovi Mohegana prešli su na kršćanstvo. Samson Occum bio je jedan od prvih Indijanaca koji je postao zaređeni kršćanski svećenik. Pokrenuo je kršćansku indijsku školu i proveo neko vrijeme u Engleskoj prikupljajući novac od kralja i drugih pokrovitelja za podršku organizaciji. Vratio se u kolonije samo da bi otkrio da je njegova škola preuzeta i preselio se u New Hampshire, gdje je na kraju postala Dartmouth College.
1827. savezna vlada je zahtijevala preseljenje svih neciviliziranih i nekršćanskih plemena na zapadna područja. Jedno nasljeđe koje je Samson Occum ostavio svom narodu bila je reputacija kršćanskog plemena. Kako bi to pojačale, tri žene iz plemena osnovale su Mohegansku crkvu, a pleme Mohegan bilo je izuzeto od prisilnog preseljenja.
Pleme Mohegan dobilo je savezno priznanje kao nezavisna nacija 1994. godine i konačno je riješilo svoje zemljišne zahtjeve s Connecticutom. Nacija ima ustav i njome upravljaju demokratski izabrano plemensko vijeće od devet članova i Vijeće starješina od sedam članova. Plemensko vijeće nadzire pravosudna i kulturna pitanja i ima zakonodavnu vlast nad plemenskim članstvom i upisom. Vijeće starješina ima izvršnu i zakonodavnu vlast u područjima navedenim u ustavu. Pleme ima dva suda: Mohegan Gaming Disputes Court, koji razmatra slučajeve u vezi s kockanjem, i Mohegan Tribal Court, koji razmatra sva pitanja koja se ne odnose na igre na sreću.
Dugo nasljeđe društvenog rada i uključenosti još je uvijek vrlo aktivno u plemenu Mohegan. Imaju veliko odmaralište za igre na sreću, toplice te blagovaonicu i maloprodajno područje pod nazivom Mohegan Sun koje pruža posao mnogim članovima plemena. Pleme koristi zarađene prihode za preživljavanje vlastitih stambenih i drugih potreba. Svake godine pleme vraća tri četvrtine svog federalnog novčanog iznosa kako bi se preraspodijelio drugim indijskim nacijama koje su u većoj potrebi.
Osim toga, pleme Mohegan i pleme Pequot, koji posjeduju dva indijska kasina u državi, dobrovoljno su pristali dati 25% svoje zarade na igrama državi Connecticut umjesto 8% poreza na korporativne igre na sreću. Kao rezultat toga, plemena zapravo plaćaju dvostruko više od poreza na dobit i najveći su izvor prihoda za državu pored savezne vlade. Pleme Mohegan vjeruje da ima obvezu brinuti se za svoje, te je dalo brojne donacije i grantove školama, bolnicama i drugim društvenim službama.