Podjedinična vakcina je cjepivo koje sadrži izolirane proteine iz virusa, ali nema virusnu nukleinsku kiselinu. Ova cjepiva izlažu tijelo antigenima kako bi ih moglo naučiti prepoznati bez izlaganja tijela riziku od replikacije virusa i naknadne infekcije. Nekoliko cjepiva protiv gripe dostupno je u obliku podjediničnih cjepiva, a brojne farmaceutske tvrtke rade na primjeni tehnologije iu razvoju drugih vrsta cjepiva. Primarna prednost korištenja podjediničnog cjepiva je da je vrlo sigurno, čak i kod osoba s ugroženim imunološkim sustavom.
Kako bi napravile podjedinična cjepiva, farmaceutske tvrtke uklanjaju sve osim proteina povezanih sa specifičnim i jedinstvenim antigenima. Uz korištenje genetskog inženjeringa, organizmima se može manipulirati tako da će te proteine eksprimirati u velikim količinama za proizvodnju cjepiva. Podjedinična vakcina nije virulentna jer ne sadrži genetski materijal virusa, već samo proteine na vanjskoj strani virusa.
Kada se daju ova cjepiva, imunološki sustav uči prepoznati antigene i razvija specifična antitijela. To osigurava da kada virus uđe u tijelo, imunološki sustav će ga identificirati i usmjeriti ga na uništenje prije nego što ima priliku da se počne razmnožavati i uzrokovati bolest. Budući da se materijal u podjediničnom cjepivu ne može replicirati, rizik od nuspojava je vrlo nizak, a cjepiva su sigurna za uporabu kod ljudi s slabim imunološkim sustavom.
Jedan od problema s tehnikom proizvodnje podjediničnog cjepiva je taj što ih ponekad izolacija proteina denaturira, uzrokujući da poprime drugačiji oblik. Imunološki sustav razvija antitijela na denaturirane proteine, ali neće prepoznati virusne proteine in situ na ovojnici virusa. Neki istraživači su se pozabavili ovim problemom izradom rekombinantnih podjediničnih cjepiva, gdje se proteini opasnog virusa kombiniraju s benignim virusom za isporuku u obliku cjepiva. To sprječava denaturaciju proteina i uči imunološki sustav da prepozna proteine na površini virusa.
Izoliranje specifičnih proteina pruža mogućnosti za cijepljenje protiv više sojeva virusa, što je važna karakteristika cjepiva protiv gripe. Istraživanje cjepiva za virus ljudske imunodeficijencije također je uključivalo razvoj podjediničnih cjepiva koja bi mogla koristiti specifične proteine kako bi naučili tijelo prepoznati i eliminirati HIV bez izlaganja ljudi riziku od virusne replikacije i infekcije HIV-om.