Dokazi dobiveni iz skeletnih ostataka ukazuju na to da je pračovjek izvodio prve zubne tretmane. Tijekom srednjeg vijeka, redovnici, a kasnije i brijači, preuzeli su odgovornost za vađenje zuba i druge primitivne stomatološke prakse. Formalno obrazovanje i informacije vezane uz oralnu higijenu pojavile su se tek 1500-ih godina. Iako je sredinom 1700-ih priznata kao medicinska praksa, samo su bogati dobivali usluge školovanog stomatologa. U 21. stoljeću stomatologija uključuje najmanje osam specifičnih grana koje se bave svime, od punjenja karijesa do estetske kirurgije.
Arheolozi vjeruju da je povijest stomatologije započela oko 7,000 pr. Zubi ljudskih ostataka pronađenih u Pakistanu sadrže nešto što se čini kao izbušene rupe. Znanstvenici sugeriraju da je rani čovjek koristio lukove za izradu šupljina i pronašao vrhove svrdla napravljene od kremena. Egipćanin po imenu Hesy-Re, vjerojatno liječnik, dokumentirao je zubne zahvate koji su se obično izvodili 2,600. godine prije Krista. Aristotel i Hipokrat su također pisali o zdravlju zuba. Svaki filozof je opisao vađenje zuba pomoću instrumenata, liječenje karijesa i postupke pomoću žice za stabilizaciju zuba i popravak prijeloma čeljusti.
Lijekovi za zubobolju razvijeni su prije prvog stoljeća naše ere. Dentalna protetika, uključujući zlatne krunice i zamjenske mostove, pojavila se već 166. godine. Smatrani najobrazovanijim ljudima tog vremena, redovnici su obično pružali medicinsku i stomatološku skrb u zajednici tijekom srednjovjekovnog doba. Ova rana povijest stomatologije također ukazuje da su Kinezi razvili srebrnu pastu za punjenje karijesa. Redovnici su s vremenom školovali i obučavali brijače u medicini, omogućujući nekima izvođenje operacija, a drugima dodijeljene uobičajene stomatološke zahvate.
Nijemac Artzney Bucklein objavio je prvu knjigu o stomatologiji 1530. godine. U udžbeniku su ne samo opisani oralni zahvati, već se govori o oralnoj higijeni i bolestima usta. Antony van Leeuwenhoek otkrio je mikroskopske bakterije 1683. Do tada se vjerovalo da crvi uzrokuju karijes. Mnogi smatraju da je Francuz Pierre Fauchard ocem moderne stomatologije. Fauchard je objavio udžbenik koji opisuje sve, od dentalne anatomije do oralne kirurgije i restauratorskih procesa.
Fauchard je također bio prvi pojedinac u povijesti stomatologije koji je izjednačio šećer i kiseline s stvaranjem karijesa. Bogati pacijenti su sredinom 1700-ih dobili korijenske kanale, zlatne krunice i stupove. Proteze od slonovače također su bile luksuz koji su mogli dobiti samo imućni. Manje sretna populacija koja je imala problema sa zubima obično se oslanjala na lokalnog kovača za vađenje. Prašci za zube i drugi lijekovi postali su dostupni javnosti otprilike u to vrijeme.
Pojam zubar, koji dolazi od francuske riječi dentiste, pojavio se sredinom 18. stoljeća. Prije toga, svatko tko je izvodio oralne zahvate bio je poznat kao zubni operater. Do kraja stoljeća, John Greenwood je razvio prvu mehaničku bušilicu koja je pokretana nožnim gazilom. Ubrzo se pojavila prva stomatološka stolica zajedno s porculanskim protezama. Charles Goodyear je 1839. razvio metodu stvrdnjavanja gume i stomatolozi su ovu vulkaniziranu gumu koristili kao novu bazu za proteze jer je porculan imao sklonost pucanju. Liječnici su sredinom stoljeća razvili anesteziju, koja je konačno omogućila bezbolne stomatološke zahvate.
Povijest stomatologije nastavila se u 1900-im, izumom novokaina 1901. i otkrićem da fluorid sprječava karijes u 1930-ima. Do Drugog svjetskog rata zajednice su dodavale fluor u vodu za piće u zajednici. Napredak u suvremenoj stomatologiji uključuje razvoj specijaliziranih instrumenata, adheziva i protetskih aparata. Stomatologija se s vremenom razvila u specijalizirane prakse koje uključuju endodonciju, ortodonciju, parodonciju i oralno-maksilofacijalnu kirurgiju.