Prezbiterijanska teologija proizlazi iz protestantizma i ima svoje podrijetlo u učenju Johna Calvina. Glavno načelo koje upravlja prezbiterijanskom teologijom je da spasenje dolazi samo vjerom, a ne štovanjem slika i svetaca ili molitvom za mrtve. Neki od značajnih vođa Prezbiterijanske crkve bili su John Knox u Škotskoj i Ulrich Zwingli i Heinrich Bullinger u Švicarskoj.
Izraz “prezbiterijanac” potječe od presbyteros, što je grčka riječ za “starješina”. Organizacija Prezbiterijanske crkve slična je onoj u protestantskim crkvama koje su usvojile ideje protestantske reformacije u Švicarskoj. Prezbiterijanskom crkvom upravljaju svećenici, koje demokratski biraju lokalne kršćanske zajednice i od muškaraca i od žena. Također su članovi crkvenih vijeća, prezbiterija, sinoda, Nacionalnog vijeća i Vrhovnog vijeća.
Teologija Prezbiterijanske crkve prihvaća i Apostolsko i Nicejsko vjerovanje. Među naglascima ove vrste teologije su božanski izbor, Božja suverenost, važnost sakramenata i savršena ravnoteža pobožnosti i intelektualne kulture. Čak i ako je ova teologija izvedena iz Calvinovog učenja, ona ne uči da je Bog neke ljude predodredio za spasenje, a druge za prokletstvo. Prezbiterijanci smatraju da, iako sva ljudska bića zaslužuju kaznu za svoju grešnu narav, Bog je odlučio izabrati broj za spasenje i pustiti ostale da slijede svoj put.
U prezbiterijanskoj teologiji prihvaćena su samo dva sakramenta koja je ustanovio Isus: krštenje i večera Gospodnja. Prezbiterijanci vjeruju da je krštenje sakrament koji je ustanovio Isus, u kojem se osobi koja uđe u crkvu daje novo rođenje i oproštenje grijeha. Krštenje se vrši u ime Oca, Sina i Duha Svetoga i može se obaviti samo jednom u životu. Voda se koristi kao vanjski element krštenja, ali uranjanje nije potrebno. Večera Gospodnja spominje Isusovu žrtvu na križu, a vanjski elementi — kruh i vino — simboliziraju Isusovo tijelo, odnosno krv.
U prezbiterijanskoj teologiji, Biblija je sredstvo kojim kršćani uče o prisutnosti Boga u svim aspektima ljudskog života, od početaka vremena do danas. Prezbiterijanci vjeruju da se Božja vječna dobrota i stalna ljubav prema njegovom stvorenju mogu razumjeti proučavanjem Biblije. Stari zavjet i Novi zavjet koriste prezbiterijanci.
Prezbiterijanski fakulteti postoje u svim zemljama u kojima je ova crkva prisutna. Mnogi od njih djeci nude tradicionalno obrazovanje prema moralnim načelima prezbiterijanstva. Za ljude koji su zainteresirani za stjecanje teološke diplome, prezbiterijanski fakulteti nude tečajeve koji se odnose na prezbiterijansku teologiju, misijski rad i pastoralno savjetovanje.