Primarna infekcija ima dva značenja i može se odnositi ili na prve znakove da je osoba/živo biće zaraženo ili na hijerarhiju infekcija koje počinju jednom bolešću. U drugoj definiciji, osoba s virusom poput prehlade mogla bi dobiti bakterijsku infekciju u prsima kao što je bronhitis. To bi se moglo označiti kao primarne i sekundarne infekcije koje proizlaze iz izvorne prehlade. S druge strane, primarna infekcija koja je rezultat prvog kontakta s virusnim ili bakterijskim izvorom može značiti prve uočene znakove te infekcije. Često se identificiraju kao specifični simptomi.
Prvi simptomi bolesti ili primarne infekcije često se identificiraju kod bolesti koje nastavljaju živjeti u tijelu i postaju kronične. Genitalni herpes je jedna od ovih bolesti. Rane koje se razvijaju na genitalijama ili okolnim područjima obično označavaju prvu infekciju nakon izlaganja, a mogu trajati nekoliko tjedana. Drugi simptomi poput glavobolje, bolova, osjećaja nalik gripi, vrućice ili natečenih žlijezda također mogu biti prisutni, a možda se neće pojaviti tako često u kasnijim izrazima bolesti.
Kada ljudi ponovno dobiju mjehuriće od herpesa, stanje se naziva rekurentnim umjesto da se naziva primarnom infekcijom. Prvi odgovor na virusnu zarazu je primarni, a svi ostali izrazi bolesti su rekurentni, pokazujući njenu kroničnu prirodu. Ostale bolesti koje imaju primarnu infekciju uključuju stanja kao što su HIV/AIDS, drugi herpes virusi poput vodenih kozica i neki oblici hepatitisa. Uz sve ovo treba napomenuti da simptomi koji proizlaze iz početnog izlaganja mogu biti malo drugačiji od načina na koji se bolest kasnije izražava; oni su prvi imunološki odgovor na izlaganje zaraznom agensu.
Postoje mnogi slučajevi u kojima se primarni i sekundarni koriste za opisivanje bolesti koja uzrokuje višestruke infekcije. Te su infekcije često virusne/bakterijske prirode. Mnogi ljudi dobivaju viruse koji slabe imunološki sustav i vjerojatno će rezultirati sekundarnim bakterijskim infekcijama. Primarna infekcija je stoga izvorni virus, ali njegova sposobnost da predisponira ljude da dobiju bakterijske infekcije može značiti da su liječnici na oprezu.
Uz virus poput genitalnog herpesa, loša njega čireva može povremeno dovesti do infekcije kože ili celulitisa. Dok liječnik ne bi liječio herpesnu infekciju antibioticima jer je virusnog podrijetla, mogao bi koristiti antibiotike ako se herpes mjehurići zaraze, kako bi ubio sekundarnu infekciju. Antibiotici ne bi imali nikakav učinak na primarnu infekciju, ali bi mogli riješiti sekundarnu.
Mnogi virusi gripe skloni su izazivanju sekundarnih infekcija poput bronhitisa, upale pluća ili upale sinusa i uha. Opet, antibiotici bi se mogli koristiti za rješavanje ovih problema. Ipak, ne bi se riješili gripe, koja je virusna. Osobe sklonije sekundarnim infekcijama ovog tipa mogu imati oslabljen imunološki sustav, a kod medicinski ranjivih osoba, praćenje sekundarnih infekcija vrlo je važno kod određenih bolesti