Peptidi su mali polimeri sastavljeni od aminokiselina. Mnogi su biološki aktivni kao hormoni, toksini ili imaju druge sposobnosti. Takvi spojevi se često koriste u biološkim, medicinskim i kemijskim istraživanjima. Oni također služe kao građevni blokovi proteina kada su njihovi brojevi povezani zajedno. Pročišćavanje peptida je tehnika koja se koristi za pročišćavanje velikih količina željenog peptida ili za odvajanje peptida koji nastaju probavom proteina.
Pročišćavanje peptida postiže se tehnikom kromatografije, načinom odvajanja spojeva koji se različito vežu na fizički matriks. Visokotlačna tekućinska kromatografija (HPLC) se obično koristi za pročišćavanje peptida. Peptid ili peptidi se primjenjuju u mješavini otapala koja se mijenja tijekom vremena dok se pumpaju kroz kolonu malih kuglica pod visokim tlakom. Različiti peptidi eluiraju u različitim vremenskim točkama i detektiraju ih monitor, često UV spektrofotometar.
Prilikom istraživanja peptida često je tvar od interesa rijetka i ne može se kupiti od kemijskih tvrtki. Ako je poznata struktura željenog peptida, često je lakše kemijski pripremiti sintezom peptida nego izolirati spoj iz prirodnih izvora. Izolacija prirodnih proizvoda je notorno teška. Sintetski peptidi se općenito pročišćavaju HPLC-om.
Takva kemijska sinteza može biti zastrašujuća za neovisnog istraživača koji nije kemičar. Često se ovaj zadatak povjerava tvrtkama za sintezu peptida koje su specijalizirane za ove tehnike. To bi moglo biti ekonomičnije od pokušaja postavljanja sustava od nule u laboratoriju. Peptidne tvrtke mogu izraditi prilagođene peptide prilagođene potrebama istraživača.
Drugi razlog za pročišćavanje peptida može biti kada je istraživač pročistio protein i pokušava utvrditi njegov identitet. On ili ona mogu razgraditi protein u fragmente peptida, odvojiti fragmente pročišćavanjem i dati uzorak fragmentacije peptida detektiran masenim spektrometrom dok eluiraju iz kolone. Ova tehnika je poznata kao LC-MS, skraćeno od tekućinske kromatografije-masene spektrometrije. Daje molekularnu težinu i sastav aminokiselina fragmenata, a često omogućuje identifikaciju proteina, ako su slični ili identični prethodno identificirani.
Mnogi istraživači rade s peptidima koji imaju nova svojstva, kao što su neprirodne aminokiseline, kako bi pokušali pronaći one s neobičnim biološkim aktivnostima. Postoji čitavo polje koje se zove peptidomimetika posvećeno proučavanju takvih novih peptida. Često se dizajniraju računalno generirane sekvence i sintetizira se biblioteka peptida koja obuhvaća niz atipičnih peptida. Pročišćavanje peptida koristi se za odvajanje pojedinačnih članova ove biblioteke kako bi se dobio čisti peptid za testiranje biološke aktivnosti. Ova strategija bila je uspješna u stvaranju barem jednog novog komercijalno dostupnog lijeka.
Mnogi biološki aktivni peptidi su od interesa za medicinsku upotrebu. Spojevi koji se komercijalno koriste, kao što je inzulin, obično se proizvode pomoću sustava prekomjerne ekspresije rekombinantne DNA koji stvaraju velike količine željenog spoja. Često su peptidi genetski modificirani kako bi se olakšalo pročišćavanje dodavanjem neke vrste oznake na njihove prednje strane. To omogućuje korištenje afinitetne kromatografije za pročišćavanje peptida.
Kod ove vrste kromatografije, oznaka je spoj, kao što je histidin, koji će vezati matricu kuglica, poput nikla, odabranih zbog svoje sposobnosti da veže oznaku. Neželjeni proteini i peptidi općenito prolaze kroz kolonu bez vezanja. Posebno dizajnirani peptid obično se snažno veže na stupac. Nakon što su kontaminirajući proteini i peptidi isprani, željeni peptid se eluira spojem koji se natječe za vezanje na matriks. Tada se dobiva prilično čist pripravak željenog peptida, a oznaka se može ukloniti cijepanjem.