Za razliku od eukariotskih stanica, prokariotska stanica kao što je bakterija općenito nema pojedinačne strukture zvane organele unutar sebe. Obično nema jezgre, mitohondrija ili drugih područja u kojima se odvijaju odvojeni metabolički procesi; sve uglavnom slobodno lebdi unutar stanične stijenke i plazma membrane. Poput eukariotskih stanica, obično postoje niti deoksiribonukleinske kiseline (DNA) kao i ribonukleinske kiseline (RNA) koje se mogu kopirati transkripcijom. Prokariotsku transkripciju obično kontrolira enzim zvan prokariotska RNA polimeraza, koji mora pokrenuti transkripciju DNA, dok završetak procesa obično pokreću drugi slijedovi nukleotida.
Kada enzim RNA polimeraze proputuje dužinu DNA lanca, on ga razotkriva na mjestu transkripcije i može se napraviti glasnik, prijenos i ribosomska RNA. Obično postoje dvije vrste enzima u prokariotskoj transkripciji; jedan je jezgrini enzim koji može napraviti kopije, ali ne može pronaći odgovarajuće mjesto na genu. Holoenzimski oblik molekule često je u stanju inicirati transkripciju u specifičnoj regiji, te je stoga dizajniran da locira promotorske sekvence koje govore molekuli kada treba početi kopirati DNK. Holoenzim obavlja ovu funkciju preko komponente koja se zove sigma.
Prokariotska transkripcija počinje kada se RNA polimeraza veže na mjesto promotora DNA. Molekula i dvolančana struktura, nazvana zatvoreni kompleks, tada mogu stupiti u interakciju i DNK se otvara u jednolančanu sekvencu blizu mjesta gdje počinje transkripcija. To se zove otvoreni kompleks. Enzim obično započinje proces transkripcije stvaranjem oko 10 neupotrebljivih transkripata, koje protein blokira da napuste kompleks.
Nakon što se ovaj protein oslobodi, enzim nastavlja s transkripcijom. Ponekad postoje razlike u tome koliko se snažno RNA polimeraza i proteini vežu na DNA; jačina ove veze može se povezati sa statističkom vjerojatnošću da će određena baza biti na danom mjestu. Koliko se baze podudaraju s ovim konsenzusnim nizom često određuje koliko će veza biti jaka.
Prokariotska transkripcija RNA obično se događa na oko 40 nukleotida svake sekunde. Neki proteini mogu promijeniti brzinu kojom se to događa, a brzina kopiranja određenih sekvenci također može biti različita. Regulatorni geni često mijenjaju način na koji se sekvence izražavaju ovisno o tome što stanica treba. Prokariotska transkripcija može biti prekinuta ili kada sekvence u RNA uzrokuju razdvajanje molekularnog kompleksa i DNA, ili kada se specifični protein veže i putuje do enzima RNA polimeraze.