Protočna citometrija je proučavanje pojedinačnih stanica dok prolaze kroz tekućinu. Komponente stanice, bilo iznutra ili na površini, prvo se moraju označiti jednom ili više fluorescentnih boja. Laser unutar instrumenta zvanog protočni citometar pobuđuje te fluorescentne molekule tako da emitiraju svjetlost na različitim valnim duljinama. Količina fluorescencije može dati naznaku koliki je postotak različitih tipova stanica prisutan u uzorku. Protočna citometrija se koristi u laboratorijima za razne primjene, uključujući istraživanje raka, imunologiju i analizu staničnog ciklusa.
Za provođenje analize protočne citometrije, suspenzija pojedinačnih stanica mora biti obojena fluorescentnim bojama, što se može izvesti u jednom ili dvostupanskom postupku. Stanični proteini se često boje pomoću antitijela usmjerenih protiv proteina od interesa. Proces u jednom koraku uključuje bojenje stanica antitijelima koja su već obilježena fluorescentnom bojom. Ako obilježena protutijela nisu dostupna, stanice se mogu prvo obojati neobilježenim primarnim protutijelom, a zatim fluorescentno obilježenim sekundarnim protutijelom.
Nakon što su stanice označene, spremne su za analizu protočne citometrije. Na protočni citometar stavlja se cijev koja sadrži suspenziju stanica. Stanice prolaze kroz instrument i prolaze ispred lasera u jednoj datoteci. Kako laser pogađa svaku ćeliju, svjetlost se raspršuje u smjeru naprijed ili u stranu. Mjerenja raspršenosti prema naprijed daju naznaku veličine stanice, dok je bočno raspršenje mjera granularnosti stanica.
Energija lasera također pobuđuje fluorokromne molekule, fluorescentnu boju koja se koristi za bojenje stanica. Uobičajeni laser koji se koristi za protočnu citometriju je argon-ion laser koji emitira svjetlost na valnoj duljini od 488 nanometara (nm). Ovo svjetlo pobuđuje molekule zelene boje fluoresceina, koja zatim emitira svjetlost na valnoj duljini od 525 nm. Fotomultiplikatorske cijevi (PMT) u protočnom citometru imaju svjetlosne filtere koji detektiraju svjetlost koju emitiraju različiti fluorokromi. Instrument može imati nekoliko PMT-ova koji detektiraju svjetlost na različitim valnim duljinama.
Crvena dioda, ljubičasta dioda ili He-Ne (helij-neon) drugi su laseri koji se mogu koristiti u protočnom citometru. Ostali fluorokromi koji se koriste u analizi protočne citometrije uključuju fikoeritrin, teksaško crveno ili alofikocijanin. Različite kombinacije lasera i fluorokroma omogućuju istraživaču prikupljanje informacija o mnogim različitim staničnim markerima u istom eksperimentu.
Softver dizajniran za korištenje s protočnim citometrom pomaže istraživaču u vizualizaciji podataka. Stanične populacije se analiziraju pomoću točaka, dijagrama gustoće ili histograma. Oko stanica od interesa mogu se nacrtati regije, a intenzitet fluorescencije može dati indikaciju postotaka različitih stanica u uzorku.