Protok podzemne vode je kretanje vode koja putuje i prodire kroz tlo i stijene ispod zemlje. Pohranjena u šupljinama i geološkim porama zemljine kore, zatvorena podzemna voda je pod velikim pritiskom. Njegov gornji dio je niži od materijala u koji je zatvorena. Neograničena podzemna voda je izraz za vodonosnik s izloženom vodenom površinom.
Voda teče preko kopnene površine, a zatim prodire u tlo i stijene. Kad jednom ode pod zemlju, voda se i dalje kreće. Brzina protoka podzemne vode ovisi o podzemnim materijalima i količini vode. S površine kopna voda se kreće do podzemnih voda. Hidrolozi mogu predvidjeti i izmjeriti protok, kao i razinu i gradijent. Problemi se javljaju dok voda prolazi kroz nezasićenu zonu i skuplja tvari, od kojih su neke otrovne.
Toksičnost je opasna jer se zalihe podzemne vode koriste za javnu pitku vodu. Resurs također navodnjava poljoprivredno zemljište, koristi se za razvoj urbanih područja i opskrbljuje seosko stanovništvo pitkom vodom putem bunara. Neki ekosustavi, kao što su vodeni sustavi u sušnim regijama i obalnim rubovima, oslanjaju se na podzemne vode kako bi preživjeli. Onečišćenje nekontroliranim industrijskim i urbanim otpadom počinje utjecati na vodonosnike.
Poput površinskih voda, tok podzemne vode kreće se prema dolje u bilo kojem smjeru nagiba podzemne vode. Njegov protok je mnogo sporiji od protoka površinske vode. Riječna voda općenito teče tisuće puta brže. Podzemnoj vodi može trebati više od 10 godina da se pomakne jednu milju, tako da se problemi iscrpljenosti i onečišćenja ne rješavaju brzo.
Praćenje razine i protoka podzemne vode je skupo, ali praćenje prikuplja važne podatke. Prikupljeni podaci se koriste za poboljšanje izgradnje bunara, određivanje smjera toka podzemne vode i stjecanje razumijevanja vodonosnika i skladištenja. Pravilnim upravljanjem ovim prirodnim resursom može se osigurati da on ostane siguran i u izobilju.
Prema Američkom geološkom zavodu (USGS), otprilike 25 posto sve vode koja se koristi u SAD-u dolazi iz podzemnih voda, uglavnom iz slatkovodnih vodonosnika. Ostatak dolazi iz površinskih voda. Međunarodna udruga hidrogeologa (IAH), nevladina organizacija, tvrdi da oko 2 milijarde ljudi diljem svijeta ovisi o ovom obliku vode. U vrijeme suše vodonosnici mogu ublažiti pritisak na gospodarsku aktivnost.
Podzemne vode ne mogu se obnavljati u nedogled. Istraživanja sugeriraju da je pravilno upravljanje u cijelom svijetu glavna briga u svjetskoj politici voda. Međutim, sve dok se ne riješe problemi s pohranjenim istraživačkim informacijama, nacije imaju teškoće u prikupljanju dokaza koji bi poduprli globalni plan.