Reptilski mozak, prema klasičnoj teoriji znanosti o mozgu, ima odgovarajuće strukture u mozgu sisavaca, uključujući ljude. Prema teoriji “trojedinstvenog mozga”, reptilski mozak, koji se bavi instinktom i preživljavanjem, razvio se prvi u evolucijskoj povijesti. Stvorenja poput sisavaca razvila su kompliciranije strukture mozga na temelju reptilskog mozga, omogućujući razmišljanje, emocije i samosvijest. Istraživanja mozga su otada pokazala da je teorija trojedinstvenog mozga u najboljem slučaju previše pojednostavljena; međutim, ostaje popularan u medijima i široj javnosti.
Tijekom 1960-ih, istraživanje moždanih struktura neuroznanstvenika i liječnika Paula D. MacLeana otkrilo je da bazalni gangliji, skupina struktura u bazi ljudskog mozga, nalikuju mozgu guštera i drugih gmazova. To, zajedno sa spoznajom da su bazalni gangliji snažno uključeni u motoričke funkcije, navelo je MacLeana da vjeruje da razvoj mozga odgovara evolucijskom razvoju. Gmazovi su se najprije razvili u evolucijskoj povijesti, zatim sisavci, a potom i ljudi, pa je zaključio da se mozak također može podijeliti na dijelove na temelju složenosti razvoja.
U MacLeanovoj teoriji, bazalni gangliji, koje je nazvao reptilskim mozgom, kontrolirali su osnovne instinkte kao što su agresija i teritorijalnost, ponašanje koje se može promatrati kod gmazova, kao i kod sisavaca, uključujući ljude. Srednje strukture mozga, koje je nazvao “limbičkim sustavom”, kontrolirale su više funkcije potrebne za uzgoj mladih, ali nisu bile potrebne gmazovima, koji općenito polažu jaja umjesto da rađaju i odgajaju žive mlade. Neokorteks, koji se nalazi samo u viših sisavaca, omogućio je razvoj jezika, rasuđivanja i svjesnog mišljenja kod ljudi.
Kasnija otkrića u znanosti o mozgu i životinjama pokazala su da teorija trojednog mozga nije precizan model. Stvorenja kao što su ptice, na primjer, sposobna su koristiti rudimentarne alate i jezik, unatoč nedostatku neokorteksa. Od tada je otkriveno da neke moždane funkcije za koje se nekoć vjerovalo da ih kontrolira reptilski mozak uključuju različita područja mozga. Evolucijski razvoj također nije tako jednostavan kao što se mislilo, što dodatno osporava MacLeanov razvojni model.
Trojedinstveni mozak i reptilski mozak i dalje su stalni dijelovi popularne kulture i vjerovanja o moždanim funkcijama. Popularni znanstveni bestseler astrofizičara Carla Sagana “The Dragons of Eden” dao je teoriji o trojednom mozgu široko izlaganje tijekom 1970-ih. U svom revolucionarnom grafičkom romanu “Elektra Assassin”, strip crtač Frank Miller dao je svom liku Elektri sposobnost da funkcionira samo sa svojim “gmazovskim mozgom”, dopuštajući joj da djeluje instinktivno i nemilosrdno u prisutnosti opasnosti.