Sekundarna infekcija je infekcija koja se javlja tijekom ili neposredno nakon liječenja druge infekcije ili bolesti. Takve infekcije mogu varirati po težini i učestalosti, ovisno o brojnim čimbenicima, uključujući zdravlje pacijenta, uzrok inicijalnog problema, korišteni pristup liječenju i uvjete u ustanovama u kojima se pacijent liječi. Ponekad su dovoljno česte da ih se lako očekuje, dok u drugim slučajevima mogu biti neočekivane, a ponekad i vrlo frustrirajuće za medicinsko osoblje.
Jedan od najčešćih razloga za nastanak sekundarne infekcije je supresija imunološkog sustava. Na primjer, ako netko uzima antibiotik za liječenje infekcije, može nastati gljivična infekcija jer gljivice u tijelu iskoriste situaciju, budući da antibiotik ubija korisne bakterije koje bi ga inače mogle držati pod kontrolom. Infekcija se također može pojaviti kao posljedica nekih tretmana. Produljeno postavljanje intravenskih linija, na primjer, ponekad može dovesti do infekcije.
Ova vrsta infekcije obično se tretira kao komplikacija i to je nešto što se mora riješiti, posebno kod pacijenata s narušenim imunološkim sustavom. Bolesnici s HIV-om i AIDS-om, na primjer, vrlo su skloni sekundarnim infekcijama, a zbog toga mogu umrijeti jer njihov imunološki sustav ne može funkcionirati. Također mogu biti opasni za pacijente s rakom, ljude koji su prošli opsežnu operaciju i osobe s drugim ozbiljnim zdravstvenim stanjima.
Budući da su te infekcije uobičajeni rizik, mnogi zdravstveni djelatnici imaju korake kako bi identificirali svoje rane simptome, s ciljem brzog rješavanja takvih infekcija, prije nego što se one uspiju proširiti i uzrokovati probleme pacijentu. Groznica, oteklina, bol i promjena boje kože tretiraju se vrlo ozbiljno, jer ovi simptomi mogu ukazivati na to da se infekcija kreće. U nekim slučajevima pacijentima se čak daju profilaktički antibiotici kako bi se spriječio početak infekcije; ova praksa je vrlo česta prije operacije.
U nekim slučajevima sekundarnu infekciju mogu uzrokovati nečisti uvjeti ili nepravilna njega. To je osobito uobičajeno u siromašnim zajednicama, kojima možda nedostaju resursi potrebni za održavanje svojih klinika i bolnica čistima koliko trebaju biti, osobito tijekom epidemija bolesti. U bogatijoj zajednici, oni koji se razviju zbog bolničke pogreške često se tretiraju kao razlog za tužbu, pa medicinsko osoblje ima još jedan razlog da ih spriječi kod svojih pacijenata.