Sekvenciranje ribosomske ribonukleinske kiseline (RNA) je proces određivanja sadržaja sekvence nukleinskih kiselina koje čine ribosom. U gotovo svim stanicama ribosomi su makromolekule koje izgrađuju proteine za održavanje stanice. Sastoje se od RNA i raznih proteina koji pomažu da RNA radi učinkovitije. Velik dio ovog materijala u ribosomu izravno je uključen u izgradnju proteina, tako da određivanje sekvenciranja ribosomske RNA može dati uvid u konačnu strukturu molekule, kao i kako ona funkcionira. Funkcija i opća struktura RNA dobro je očuvana između različitih vrsta, ali sirovi slijed nije, a promjene u slijedu mogu se koristiti za zaključivanje informacija o evoluciji ribosoma.
Bilo da se koristi za bakterijske ribosome ili one složenijih organizama, sekvenciranje ribosomske RNA postiže se na sličan način. Nakon što se RNA odvoji od ribosoma, ona se umnožava mnogo puta, a zatim se razbije na male fragmente čije se sekvence lako mogu identificirati. Ti mali dijelovi sekvence se zatim ponovno sastavljaju kako bi se generirao novoutvrđen slijed. Zadatak postaje sve kompliciraniji kako sekvenca postaje duža, ali je proces još uvijek relativno lak za ribosomalnu RNA, koja je relativno mala. Ne postoji jamstvo da će prvi pokušaj sekvenciranja ribosomske RNA biti točan prvi put, stoga se obično izvode višestruki pokušaji provjere kvalitete podataka.
Podaci dobiveni sekvenciranjem ribosomske RNA mogu se koristiti u razne svrhe, ali jedna od najčešćih je za identifikaciju bakterija. Bakterijska ribosomska RNA posebno je visoko očuvana među vrstama, tako da sekvenciranje omogućuje da se jedinstvene karakteristike vrste konsolidiraju u profil za referencu. Ovaj profil može se koristiti za brzo i jednostavno prepoznavanje određene vrste bakterija, test koji može pomoći u dijagnozi i liječenju bolesnika. S pojavom bolje tehnologije sekvenciranja, ovaj pristup je postao češći u dijagnozama.
Drugi utjecaj ribosomske RNA sekvencioniranja može imati na ljudsko zdravlje je pomoć u dizajnu lijekova i lijekova. Bakterijske ribosomske RNA sekvence imaju mnoge podsekvencije koje su jedinstvene za bakterije, tako da ciljanje ovih regija s antimikrobnim lijekovima može ubiti bakterije bez štete za ljude. Podaci o sekvenciranju ribosomske RNA sami po sebi ne daju dovoljno podataka za stvaranje lijekova, ali znanstvenicima daje područja na koja se mogu usredotočiti za buduća istraživanja i dizajn lijekova. Mogu se konstruirati ljekovite molekule koje se vežu na sekvence i onemogućuju ribosom. Različiti suvremeni lijekovi koriste ovu tehniku u borbi protiv bolesti.