RNA sekvenciranje je proces određivanja slijeda nukleotida u lancu ribonukleinske kiseline ili RNA. RNA se sastoji od četiri nukleotida nazvana adenin (A), guanin (G), citozin (S) i uracil (S). Određeni slijed nukleotida je “kod” koji sadrži genetske informacije koji se koriste za proizvodnju različitih vrsta proteina ili za samostalnu obavljanje neke specifične funkcije. Genetski kodovi u obliku sekvenci nukleotida definiraju gotovo svaki biološki proces koji uključuje razvoj i funkciju organizma. RNK sekvenciranje je, dakle, jedna vrsta istraživanja usmjerena na otkrivanje točne prirode tog genetskog koda i na povezivanje koda s određenim strukturama i funkcijama unutar organizma.
Znanstvenici mnogo češće sekvenciraju deoksiribonukleinsku kiselinu ili DNK nego što sekvenciraju RNA. DNK se na sličan način sastoji od nukleotida, ali su oni raspoređeni u dvostruku spiralu. “Transkripti” RNA zapravo su napravljeni na temelju slijeda nukleotida na lancu DNK – DNK je obično robusnija od RNA jer mnogi RNA lanci moraju biti napravljeni od jedne sekvence DNK. Dodatno, DNK sadrži “introne” ili nekodirajuće segmente DNK, koji se uređuju tijekom procesa transkripcije i stoga se ne detektiraju sekvenciranjem RNA. Sekvenciranje RNA i dalje je važno, iako je u mnogim slučajevima potrebno prvo “obrnuto transkribirati” RNA natrag u DNK prije njezinog sekvenciranja.
Činjenica da sekvenca RNA nije nužno ista kao sekvenca DNA iz koje je transkribirana jedan je od primarnih razloga zašto znanstvenici zapravo provode eksperimente sekvenciranja RNA. Sekvenciranje RNA omogućuje znanstvenicima da otkriju koji su dijelovi DNK šablona uređeni tijekom transkripcije. Znajući to, onda mogu ispitati kako i zašto je slijed uređen. Jedan od zanimljivih problema u biologiji je činjenica da se čini da je velik dio genoma, odnosno zbrajanja genetskih informacija unutar organizma, neiskorišten. Učenje točno koje se sekvence koriste, a koje ne, važan je korak u istraživanju zamršenosti ovih neiskorištenih segmenata genetskih informacija.
Razvijanje učinkovitijih i učinkovitijih metoda sekvenciranja RNA važan je fokus mnogih istraživača u biotehnologiji. Istraživači općenito moraju reverzno transkribirati RNA u DNK prije nego stvarno uzmu sekvencu. Istraživači žele razviti metode koje omogućuju učinkovito izravno sekvenciranje RNA bez oštećenja RNA lanaca. Osim toga, istraživači žele pronaći metode visoke propusnosti koje im omogućuju sekvenciranje mnogih RNA lanaca tijekom jednog procesa sekvenciranja RNA.