Duhovni put Siddha Yoga u osnovi se temelji na filozofiji da se fokusiranje na unutarnje ja može približiti Bogu. U velikoj mjeri crpi iz kašmirskog šaivizma i vedanta hinduističke duhovne tradicije. Siddha jogu njezini praktičari predstavljaju kao individualnu duhovnost koja se često razvija u zajednici suvjernika. Ovisno o individualnoj percepciji organizacije, obično se naziva ili novim vjerskim pokretom ili kultom.
Siddha Yoga je kombinacija svakodnevne prakse i učenja koje prenosi guru. Učenja uključuju pouku o osnovnim filozofijama samootkrivanja, služenja drugima i pridržavanju biblijskih tradicija hinduističke religije. Praksa uključuje meditaciju, pjevanje i slušanje svete glazbe. Te se aktivnosti obično provode u centrima za meditaciju i na povlačenjima, iako se neke dnevne aktivnosti mogu prakticirati i kod kuće.
Učenik koji je tek u Siddha Yogi obično će biti duhovno iniciran s praksom poznatom kao shaktipat diksha. Ovo je proces kojim guru pozdravlja voljnog učenika simboličkom gestom kao što je dodir, mantra ili sveta riječ. Na taj način se vjeruje da je guru prodro i ušao u duh učenika. Neki sljedbenici metode opisali su ovaj proces kao guruovu auru koja obavija učenika.
Swami Muktananda Paramahamsa je osnovao Siddha Yogu u Indiji, pod vodstvom svog duhovnog učitelja Bhagawana Nityanande. Na kraju je otvorio nekoliko centara za meditaciju diljem svijeta. Postojali su centri u Japanu, Sjedinjenim Državama, Velikoj Britaniji, Australiji i Francuskoj, među mnogim drugim zemljama. Pokret se težio fokusiranju na najveće ašrame u New Yorku i Ganeshpuriju u Indiji. Nakon smrti Swamija Muktanande 1982. godine, njegov učenik Gurumavi Chidvilasanada, koji je izvorno bio poznat kao Malti Shetty, preuzeo je duhovno vodstvo pokreta Siddha Yoga.
Bilo je kontroverzi oko postupaka nekih gurua Siddha Yoge i pokreta općenito. William Rodarmor 1983. i Lis Harris 1994. u nekoliko objavljenih članaka izazvali su sumnju u tu praksu. Od 1996. godine, web stranica Leaving Siddha Yoga također je zadržala vrlo kritičan glas o pokretu i njegovim vođama. Optužbe protiv pokreta uključivale su seksualno zlostavljanje, kontrolu uma i ometajuće i neprikladne svađe među guruima i njihovim suradnicima. Također je bilo prvenstveno pozitivnih profila pokreta u člancima u nekoliko popularnih časopisa.