Southern blot je tehnika koja se koristi za otkrivanje DNK u uzorku i određivanje količine DNK. Ovaj postupak je nazvan po Edwinu Southernu, britanskom biologu koji je bio pionir ove tehnike 1970-ih. Southern blot analiza koristi gel elektroforezu za odvajanje DNK fragmenata u uzorku, a zatim koristi sonde za otkrivanje DNK sekvenci od interesa.
Southern blotting počinje s uzorkom DNK koji je ekstrahiran iz stanica. DNA se tretira restrikcijskim enzimima koji cijepaju nukleinsku kiselinu na fragmente različitih veličina. Zatim se DNK provodi kroz elektroforezu denaturirajućeg agaroznog gela. Ovaj proces razdvaja fragmente u pojedinačne niti u isto vrijeme jer su također odvojeni po veličini.
Sljedeći korak u Southern blotu je prijenos odvojenih fragmenata DNK na lim od najlona ili nitroceluloze, koji fragmente drži nepokretnima. Nakon toga, list se inkubira s hibridizacijskom sondom jednolančane DNA. Slijed sonde je dizajniran tako da se veže na sekvencu DNK koju eksperiment pokušava otkriti. Svaki fragment sonde će se vezati za svoju komplementarnu sekvencu DNA ako postoji u uzorku, kako bi formirao dio dvolančane DNA. Sonda je označena radioaktivnim izotopom ili enzimom. U istom eksperimentu može se koristiti više sondi.
Kada je inkubacija gotova, posljednji korak u Southern blot procesu je otkrivanje mjesta gdje se sonda vezala za komplementarnu DNK. Ako je sonda obilježena radioaktivnim izotopom, to se radi korištenjem x-zraka za otkrivanje mjesta na kojima se sonda hibridizirala za uzorkovanje fragmenata DNA. Kada se koristi enzim, provodi se daljnja inkubacija. Enzim koji se koristi u tu svrhu je onaj koji proizvodi obojeni proizvod kada reagira sa svojim supstratom, tako da se Southern blot dovršava dodavanjem supstrata kako bi se otkrila mjesta gdje se DNK sonde vezala za DNK uzorka.
Southern blotovi su korisni iz raznih razloga. Najjednostavnija uporaba ove tehnike je korištenje sonde za identifikaciju sekvenci DNA koje su od interesa, ili koje se moraju izolirati za druge svrhe. Southern blotting se također koristi za određivanje koliko je kopija određene sekvence prisutno u uzorku. To je moguće jer se proizvodi jači radioaktivni ili enzimski signal kada je prisutno više kopija sekvence i vezano za sonde.
Druga uobičajena upotreba tehnike je u genetskoj manipulaciji bakterijama i drugim mikroorganizmima. U ovom slučaju se ispituje bakterijska DNK kako bi se utvrdilo je li strana DNK uspješno uvedena u bakteriju. Southern blotting je također osnova za tehniku polimorfizma duljine restrikcijskih fragmenata.