Spalionica medicinskog otpada je peć koja postiže vrlo visoke temperature i koristi se za uništavanje medicinskih otpadnih proizvoda. To može uključivati uređaje i potrepštine koje se koriste za liječenje pacijenata, kao i biološki otpad poput krvi ili tkiva. Općenito postoje stroge smjernice koje određuju koje predmete treba spaliti, a koje se mogu nalaziti u zoni za odlaganje. Neke se spalionice nalaze u prostorijama bolnice ili medicinskog centra, dok su druge smještene na odvojenim lokacijama.
Kada se nalazi u medicinskom centru, spalionica medicinskog otpada često se nalazi negdje u podrumu ili donjem katu zgrade. Glavna prednost korištenja spalionice za uklanjanje nusproizvoda liječenja je da toplina ubija sve potencijalno štetne i zarazne bolesti koje mogu biti prisutne u takvom otpadu. Time se otpadni materijali pretvaraju u pepeo koji je potpuno dezinficiran i siguran za uklanjanje ako je potrebno.
Kada se spalionica medicinskog otpada koristi izvan medicinske ustanove, potrebno je obratiti posebnu pozornost na sprječavanje širenja bolesti tijekom transporta. Otpad se općenito stavlja u debele vrećice za biološku opasnost i hermetički se zatvara kako bi se spriječilo curenje. Otpad se često označava kako bi izvođači kasnije točno znali s čime imaju posla. Postoje specijalizirani stručnjaci koji preuzimaju otpad i odvoze ga u spalionicu. Ove osobe su općenito posebno osposobljene za rukovanje takvim otpadom bez širenja bolesti.
Bolnice za životinje i medicinski centri također moraju koristiti spalionicu medicinskog otpada jer mnoge bolesti koje zaraze kućne ljubimce i druge životinje mogu izravno ili neizravno kontaminirati ljude. Mnoge veterinarske bolnice imaju ih na licu mjesta, iako se ponekad spalionice kućnih ljubimaca nalaze u uzgajivačnicama i drugim sličnim mjestima. Na tim mjestima može se spaljivati otpad, ali i cijeli kućni ljubimci u svrhu kremacije. Vlasnici tada pepeo mogu spremiti u urnu, slično kao u procesu kremacije ljudi.
Nepravilno odlaganje ili uništavanje medicinskog otpada moglo bi biti štetno za javno zdravlje. Krv, tkivo, igle, zaprljani materijali i drugi predmeti mogu lako završiti u zemlji ili vodi i zagaditi okolna područja. Poznato je da se otpadni materijali, prije provođenja strogih zakona o njihovom odlaganju, ispiraju na plaže i druga mjesta gdje bi njihova prisutnost mogla predstavljati prijetnju divljim životinjama i ljudima.