Srednje crijevo se odnosi na srednji dio probavnog trakta, koji se proteže od vrha tankog crijeva do približno srednje točke debelog crijeva. Prethodi mu prednje crijevo, koje uključuje usta, jednjak, želudac, jetru, gušteraču, žučni mjehur i gornji dio duodenuma, prvi dio tankog crijeva. Nakon srednjeg crijeva dolazi stražnje crijevo koje se sastoji od segmenta poprečnog debelog crijeva, silaznog i sigmoidnog debelog crijeva te rektuma – svih dijelova debelog crijeva. U srednje crijevo uključena su posljednja dva od četiri dijela dvanaesnika. To su jejunum i ileum, koji su također dijelovi tankog crijeva, a u debelom crijevu, cecum, uzlazno kolon i gornje dvije trećine poprečnog kolona.
Smatra se da srednje crijevo počinje u drugom segmentu duodenuma, gdje se nalaze kanal gušterače i žučni kanal i gdje se odvija veći dio kemijske razgradnje hrane. Smješteni samo nekoliko centimetara ispod pylorusa, ulaza iz želuca u tanko crijevo, ovi kanali se nalaze u onome što je poznato kao silazni dio dvanaesnika. Oni opskrbljuju enzime kroz sok gušterače i žuč, proizvedeni u jetri i pohranjeni u obližnjem žučnom mjehuru, koji razgrađuju hranu na svoje makronutrijente: ugljikohidrate, masti i proteine.
Odavde srednje crijevo vijuga kroz distalna ili donja dva dijela duodenuma i ulazi u jejunum u sredini tankog crijeva. Jejunum je mjesto gdje se mnoge hranjive tvari oslobođene u duodenumu apsorbiraju kroz epitelne stanice u stijenci crijeva, uključujući šećere glukozu i fruktozu iz ugljikohidrata, aminokiseline iz proteina i nekoliko vitamina i minerala. Neapsorbirane hranjive tvari i voda nastavljaju se kroz ileum, sljedeći dio tankog crijeva. Ovdje se apsorbiraju dodatne neprobavljene hranjive tvari, uključujući vitamin B12, masne kiseline i glicerol iz razgradnje masti, kao i nusproizvode probave, poput žučnih soli.
Ispod jejunuma u srednjem crijevu nalazi se cecum, koji signalizira početak debelog crijeva, dijela probavnog trakta odgovornog za apsorpciju vode, soli i nekoliko preostalih vitamina kao i uklanjanje otpada iz tijela. Uzlazno debelo crijevo se naglo zavija prema gore od cekuma, koje se zatim naglo okreće za 90 stupnjeva kako bi formiralo poprečno kolon. Poprečni kolon je više ili manje u ravnini s gornjim granicama srednjeg crijeva. Prve dvije trećine njegove duljine su uključene u srednje crijevo, dok preostala duljina čini početak stražnjeg crijeva neposredno uz slezenu.