Stopa mutacije je stopa po kojoj organizmi doživljavaju genetske mutacije, koje mogu uključivati jednostavne genetske varijacije ili složenije mutacije koje rezultiraju značajnom divergencijom od drugih organizama iste vrste. Stopa mutacije obično se izražava kao mogućnost mutacija unutar jedne generacije. Ljudi ponekad brkaju stope mutacija s učestalošću mutacije: stopa se odnosi na vjerojatnost mutacije, dok učestalost zapravo uključuje prebrojavanje broja organizama s određenom genetskom mutacijom.
Vrsta koja ima visoku stopu mutacija može se lakše prilagoditi promjenjivom okruženju. Međutim, visoke stope mutacija mogu biti loše za pojedince, jer mnoge mutacije nisu korisne. Kao rezultat toga, visoka stopa mutacija prouzročila bi smrt mnogih jedinki, dok bi se nekoliko razvilo kako bi odgovorilo na promjene okoliša i ovjekovječilo vrstu. To čini visoke stope dobrima za vrste u cjelini, ali ne i za pojedinačne predstavnike.
Niska stopa mutacija je, s druge strane, dobra za pojedince, jer su njihove šanse da se rode s mutacijom relativno niske. Međutim, niske stope mogu biti loše za vrste jer otežavaju organizmima prilagodbu povoljnih mutacija koje pomažu organizmu da reagira na promjene u prirodnom okruženju.
Jedan od klasičnih primjera visoke stope mutacije može se naći u mnogim bakterijama i virusima. Ovi organizmi smatraju korisnim brzu mutaciju, jer se razmnožavaju u ogromnom broju, tako da gubitak brojnih jedinki ne šteti vrsti kao cjelini. Visoka stopa mutacije također im omogućuje da se prilagode situacijama koje mogu uključivati potrebu za inkubacijom tijekom duljeg vremenskog razdoblja ili uvođenje novih lijekova koji ubijaju mnoge jedinke unutar vrste.
Visoke stope mutacija mogu predstavljati ozbiljan problem kada se pojave u organizmima koji uzrokuju bolest, jer je te organizme teško iskorijeniti iz tijela. HIV, na primjer, ima neslavno visoku stopu mutacija što mu omogućuje da neprestano izbjegava nove lijekove uvedene za borbu protiv njega.
Osim što imaju utjecaj na razvoj vrste tijekom vremena, stope mutacija također se mogu koristiti za prikupljanje informacija o povijesti vrste. Istraživači su pratili specifične promjene kako bi odredili kada su se organizmi genetski razišli, koristeći mutacije poput satova. Vraćanjem mutacija unatrag tijekom vremena, koristeći podatke o stopi mutacije organizma, istraživač može procijeniti kada su dvije srodne vrste mogle biti iste vrste ili genetsko istraživanje može pronaći zajedničkog pretka.