Definiranju strukturne ekonometrije obično je najbolje pristupiti tako da se prvo razumiju oba pojma pojedinačno u kontekstu ekonomije. Pojam ekonometrije obično označava spoj ekonomske teorije i statističkih metoda pri analizi podataka. Strukturno se obično odnosi na procjenu, što znači namjernu primjenu ekonomske teorije u modeliranju empirijskih studija. Stoga se strukturna ekonometrija često definira kao empirijska istraživanja koja uključuju ekonomsku teoriju za modeliranje i analizu rezultata. Neki ekonomisti smatraju da je metoda korisna za donošenje sažetih zaključaka između odnosa i ekonomskih, statističkih i institucionalnih pretpostavki.
Modeliranje konstrukcija može varirati s obzirom na to kada je istraživački projekt dizajniran. Istraživači imaju veliku fleksibilnost u određivanju koliko ekonomske teorije treba uključiti u dizajn i analizu. Oni također imaju veliku fleksibilnost u određivanju koliko se oslanjati na statističke pretpostavke, a ova konačna korisnost metode obično se temelji na kompromisu. Neslaganje oko dostupnih izbora i u kojim situacijama odabrati te izbore je rutinsko, dok se često raspravlja o kompromisima napravljenim na istraživačkim projektima jer ne postoje konkretna pravila. Ipak, čini se da fokusiranje na strukturnu ekonometriju nudi neke jasne prednosti.
Implicitno rezultira povezivanjem statističkih modela i ekonomske teorije u nestrukturnim pristupima, pri čemu ekonomska teorija često nije ni prisutna u kolegijima ekonometrije na fakultetima. Izričit je cilj strukturalnog pristupa, nagovarati istraživače da uspostave veze između ekonomije, statistike i stvarnog svijeta. Stoga strukturna ekonometrija potencijalno pruža neke jasne prednosti.
Procjena strukturnih parametara jedna je od takvih prednosti, uz mogućnost korištenja protupokusa, simulacija i usporedbe statistike. Također omogućuje usporedbu različitih teorija primijenjenih na istraživački projekt, dok će eksplicitne pretpostavke također pružiti dublji uvid u mehanizme koji utječu na rezultate. Primjena strukturne ekonometrije često se koristi u projektima teorije igara za razumijevanje tržišne ponude i potražnje, kao i niz drugih istraživačkih napora gdje su eksplicitni rezultati korisni, a ne smetnje.
Nestrukturni pristupi, međutim, čine jednu od tri stvari: oslanjanje na statistiku će imati malo ili nimalo doprinosa iz ekonomske teorije, oslanjati se na ekonomsku teoriju s malo ili nimalo podataka iz statistike ili uključuje minimalnu fuziju to dvoje. Primjeri nestrukturnih studija uključuju predviđanje, koje se oslanja na statistiku i studije mjerenja poput BDP-a, koje se oslanja na ekonomsku teoriju. Evaluacija politike unosi i ekonomsku teoriju i statistiku procjenom slučajnih učinaka, ali se ne smatra strukturnom ekonometijom jer obično daje minimalne pretpostavke . S konceptualne točke gledišta, to znači da su nestrukturni i strukturalni radovi bitno različiti, ali nisu uvijek u primjeni jer se linije znatno zamagljuju.