Strukturni deficit je državni deficit koji je neovisan o poslovnom ciklusu – ostaje čak i kada je gospodarstvo u svom punom potencijalu. To se stvara kada država troši više nego što može donijeti dugoročni prosjek poreznih prihoda. Komponenta proračuna koja ovisi o osekama i osekama poslovnog ciklusa naziva se ciklički deficit. Ekonomisti općenito smatraju da je strukturni deficit mnogo ozbiljniji od cikličkog deficita, jer implicira neodrživu potrošnju.
Manjak nastaje kada državni porezni prihodi ne pokrivaju u potpunosti njezine rashode. Tijekom recesije, ciklička komponenta deficita obično se povećava iz nekoliko razloga. Prvo, recesija znači da je neto dohodak zemlje pao ispod potencijalnog pa će iznos oporezivog dohotka biti niži od prosjeka. Drugo, vlade imaju tendenciju smanjivanja poreznih stopa tijekom recesije kako bi potaknule gospodarstvo. Treće, potrošnja na socijalne programe poput socijalne skrbi, Medicaida i bonova za hranu također ima tendenciju porasta tijekom recesije.
Keynezijanska ekonomija, utjecajna ekonomska teorija, zagovara preuzimanje cikličkog deficita kada bi to moglo ubrzati oporavak od recesije. Međutim, preuzimanje visokog strukturnog deficita općenito se ne smatra poželjnom strategijom jer ostaje čak i kada je gospodarstvo u punoj zaposlenosti. Puna zaposlenost se zapravo nikada ne postiže u stvarnoj zemlji, ali može biti korisna u ekonomskom modelu da se pokaže gornja granica potencijala stanovništva za stvaranje prihoda.
Investicije su jedno od opravdanja za preuzimanje strukturnog deficita. Zemlje ulažu u vlastitu budućnost na isti način na koji to čine pojedinci. Ako se smatra da je isplativost ulaganja vrijedna stjecanja potrebnog iznosa duga, tada vlade posuđuju novac i preuzimaju strukturni deficit. Čest primjer za to je ulaganje u infrastrukturu, kao što su ceste i željeznice. Iako su ovi projekti skupi, stvaraju radna mjesta i mogu se koristiti dugi niz godina.
Strukturni deficit Sjedinjenih Država (SAD), na primjer, znatno se povećao u prošlim desetljećima i kontroverzno je pitanje u američkoj politici. Političari se rijetko slažu oko toga je li određena inicijativa vrijedna dugoročnog zaduživanja ili ne. S jedne strane, određena ulaganja mogu povećati sigurnost i prosperitet u budućim godinama. S druge strane, budući porezni obveznici bit će suočeni s dugom i kamatama koje proizlaze iz strukturnog deficita. Iako stvaranje ove vrste deficita može imati smisla u nekim situacijama, kao što je neposredna kriza nacionalne sigurnosti, ekonomisti općenito upozoravaju na to.