Tipična neprofitna organizacijska struktura podijeljena je u tri osnovne kategorije. Kategorije uključuju upravljanje, administraciju i programe. Unutar ove tri primarne podjele također postoje brojne potkategorije ili pododjele koje spadaju u svaku od njih. Stanje u kojem se neprofitna organizacija registrira također utječe na cjelokupnu strukturu organizacije.
Upravljanje neprofitnom organizacijskom strukturom je upravni odbor. Upravni odbor može biti nekoliko pojedinaca koji sjede u odboru ili deseci članova. Prije svega, veličina odbora ovisi o veličini i potrebama neprofitne organizacije. Veličina odbora također ovisi o državi u kojoj je sjedište organizacije. Primarna uloga upravnog odbora je kreirati i provoditi politike organizacije.
Druga primarna kategorija neprofitnih organizacija je uprava. Dok upravni odbor nije plaćeno osoblje, već jednostavno zainteresirane strane ili volonteri, uprava je plaćeno osoblje. Dvije osnovne potkategorije zaposlenika ili uprave su izvršni direktor ili predsjednik i osoblje. Naravno, osoblje može biti sastavljeno od raznih djelatnika.
Budući da je premisa neprofitne organizacije ostvariti određenu svrhu, programsko područje neprofitne organizacijske strukture radi na kreiranju i provedbi programa koji ispunjavaju svrhu. Na primjer, ako je neprofitna organizacija povijesni muzej, onda je njezina svrha bilježiti povijest svog određenog područja. Programi mogu uključivati društvena događanja, radionice, pa čak i povijesne obilaske područja.
Primarna programska područja uključuju planiranje, prikupljanje sredstava, odnose s javnošću, marketing, operacije, koordinaciju volontera, razvoj i ljudske resurse. Opet, čak i unutar ovih potkategorija programa postoje dodatne potkategorije. Marketinški program mogu činiti direktor marketinga, voditelj marketinga i voditelj odnosa s javnošću. Područje prikupljanja sredstava može imati koordinatora baze podataka, direktora za članstvo i planera događaja.
Državni zakoni u kojima je neprofitna organizacija započela i djeluje također reguliraju neprofitnu organizacijsku strukturu. Na primjer, u Teksasu, neprofitna organizacija mora imati najmanje tri direktora koji sjede u svom odboru. Država također zahtijeva jednu osobu koja obnaša dužnost predsjednika organizacije, dok posebna osoba mora biti tajnica odbora i organizacije. Državni zakon dalje pojašnjava da predsjednik i tajnik ne smiju biti ista osoba, već dvije odvojene osobe.