Transkriptom je potpuna zbirka RNA iz organizma, skupine stanica ili čak određene stanice. RNA se sintetizira iz DNA kroz proces poznat kao transkripcija. RNK prisutna u stanici i tijelu određuje koji će geni biti izraženi i mijenja se tijekom života organizma, za razliku od DNK, koja ostaje statična. Pritisak okoline jedan je od vodećih razloga za promjene, jer se tijelo pokušava prilagoditi promjenjivim okolišnim situacijama kako bi održalo funkcioniranje.
Transkriptom je mnogo manji od genoma organizma, potpune zbirke DNK u organizmu. Jednostavno rečeno, o DNK bi se moglo razmišljati kao o kuharici s popisom kompletne zbirke recepata koji se mogu napraviti. Transkriptom je kod koji određuje koji će recepti biti napravljeni i kada. Kuharica ostaje statična tijekom cijelog života, dok se transkriptom mijenja kao odgovor na okolišne čimbenike.
Jedan važan dio transkriptoma su molekule mRNA. Messenger RNA je RNA koja komunicira s ribosomima u stanicama kako bi usmjerila stanice na stvaranje različitih proteina. Ovi proteini se koriste za širok raspon funkcija. Drugi dijelovi možda neće izravno kodirati proizvodnju proteina, ali rade stvari poput određivanja stanične strukture i regulacije ekspresije gena. Zajedno, različite komponente transkriptoma održavaju funkcioniranje organizma i određuju ekspresiju gena unutar tog organizma.
Unutar različitih stanica u tijelu, transkriptom može biti vrlo različit. Stanice jetre, na primjer, imaju RNA koja ih čini stanicama jetre i osigurava da stanice obavljaju potrebne funkcije. Stanice kože, s druge strane, imaju drugačiji transkriptom koji aktivira gene potrebne da bi stanica postala stanica kože. I stanice jetre i kože imaju potpunu kopiju genoma, ali njihovi transkriptomi određuju koji se dijelovi genoma aktiviraju.
Kao i kod DNK, moguće je sekvencirati RNA. Sekvenciranje transkriptoma može se provesti kako bi se saznalo više o djelovanju stanice i DNK organizma domaćina, te kako bi se identificirala mjesta na kojima ekspresija genetske informacije nije u redu. Kada jetrena stanica postane maligna, na primjer, to je zato što transkriptom ne radi kako bi trebao biti, a geni za malignitet su se aktivirali ili stanicama na neki način nedostaje regulacija, što uzrokuje njihov rast izvan kontrole. Sekvenciranje RNA u malignoj stanici može pomoći istraživaču da shvati koji je gen aktiviran ili inaktiviran da izazove malignitet.