Ugroženi ekosustav je prirodni okoliš kojem prijeti kolaps i nestanak zbog ljudskih aktivnosti, onečišćenja i izumiranja vrsta ili prenaseljenosti među ostalim čimbenicima. Živa i neživa bića su u interakciji, formiraju međuovisne odnose i razmjenjuju energiju i materiju u ekosustavima koji mogu biti veliki poput planeta ili mali kao zdjela za ribe. Kada se naruši međuovisnost između vrsta okoliša i fizičkih i kemijskih čimbenika, ekosustav postaje ugrožen i može se potpuno raspasti. Posljedice kolapsa ekosustava uključuju masovno izumiranje, porast populacija vrsta izvan kontrole, poremećaj ljudskih zaliha hrane, eroziju, poplave, ubrzanje klimatskih promjena i dezintegraciju velikih područja prirodnog okoliša.
Postoje mnogi prirodni i ljudski uzroci ugroženog ekosustava, uzroci koji često remete prehrambeni lanac ekosustava i fizičko okruženje. Prekomjerni izlov određenih vodenih vrsta kao što su morski psi ili plavoperajna tuna može štetno utjecati na lanac ishrane tako što iscrpljuje velike grabežljivce koji sprečavaju da populacije manjih vrsta izmaknu kontroli. Bez velikih grabežljivaca, mnoge vrste će se razmnožavati izvan mogućnosti neposrednog okoliša da ih podrži, što će rezultirati smanjenjem resursa i hrane te ugroženim ekosustavom.
Kada se resursi trenutnog ekosustava iscrpe, prebrzo uzgajana vrsta se tada može preseliti u novi okoliš gdje može postati invazivna i destruktivna. Čovjek također može unijeti vrste u ekosustav u nastojanju da kontrolira populaciju domaćih životinja ili kukaca, ali umjesto toga imaju remetilački učinak.
Zagađivači mogu imati domino učinak na ugroženi ekosustav uništavanjem fizičkog okoliša i ubijanjem ili mutiranjem vrsta. Na primjer, zagađivač uveden u vodeni ekosustav može ubiti biljke koje jedu veće ribe i rakovi. Ove vrste biljojeda počinju umirati i tako iscrpljuju izvore hrane grabežljivcima mesožderima sustava koji također u velikom broju nestaju ili migriraju u novi ekosustav u potrazi za opskrbom. Osim toga, zagađivači mogu uzrokovati mutaciju vrste ekosustava što rezultira svime, od neplodnosti do dodatnih udova i štetnih fizičkih nedostataka.
Izgradnja, razvoj i druge ljudske aktivnosti uključujući lov mogu rezultirati ugroženim ekosustavom. Nepravilno vođen ili prekomjeran lov može oslabiti populaciju vrste uklanjanjem životinja brže nego što se mogu razmnožavati i tako prekinuti lanac ishrane. Izgradnja i razvoj mogu uništiti fizički okoliš ekosustava o kojem žive vrste ovise za opstanak. Osim ako se vrste iz ugroženog ekosustava ne mogu uspješno preseliti, može im prijeti izumiranje.