Većina cista na jajnicima prolazi sama od sebe i stoga nije potrebna operacija. One koje zahtijevaju kirurško uklanjanje obično su velike, kancerozne, iznimno bolne ili čvrste. Tijekom operacije napravit će se rez, odstraniti cista i ispitati tkivo ako se sumnja na rak. Za zatvaranje područja koristit će se ili spajalice ili šavovi, a lijekovi protiv bolova bit će ponuđeni za liječenje nelagode u trbuhu koja obično dolazi s ovim tretmanom. Dok operacija ciste na jajnicima obično traje samo nekoliko sati, boravak u bolnici obično traje najmanje tri dana, nakon čega slijedi razdoblje oporavka do četiri tjedna.
Ova vrsta liječenja ciste na jajnicima obično je posljednje sredstvo, jer postoje rizici koji dolaze s bilo kojom operacijom, iako su još uvijek prilično rijetki. Moguće je da pacijenti dožive komplikacije kao što su prekomjerno krvarenje, infekcija, neplodnost, krvni ugrušci i potreba za uklanjanjem jajnika, zbog čega operacija ciste na jajnicima obično nije prvi ponuđeni tretman. Prije zakazivanja operacije, većina liječnika obavlja fizikalni pregled, ultrazvuk, CT skeniranje te pretrage urina i krvi, kako bi naveli neke od uobičajenih potrebnih pregleda. Dodatno, treba privremeno prekinuti primjenu razrjeđivača krvi i protuupalnih lijekova poput aspirina jer mogu uzrokovati štetne učinke nakon operacije ciste jajnika.
Većina liječnika koristi opću anesteziju kako bi blokirali bol tijekom operacije, a zatim nastavljaju rezanjem u trbuh. Najprije se odvoje mišići u tom području, a zatim se krvne žile pomaknu s puta kako bi liječnik mogao ukloniti cistu. Ako se sumnja na rak, u ovom trenutku se također može ukloniti nešto tkiva kako bi se moglo testirati. Trbušni mišići se tada obično zašivaju, a početni rez se obično zatvara spajalicama ili šavovima. Konačno, tekućine i lijekovi se daju intravenozno neposredno nakon operacije ciste na jajniku.
Iako bi bol u trbuhu trebao nestati u roku od desetak dana, razdoblje oporavka može potrajati i do četiri tjedna. Za to vrijeme potrebno je rez redovito čistiti sapunom i vodom, a noge pažljivo pomicati kao i obično kako biste spriječili stvaranje krvnih ugrušaka. U većini slučajeva, pacijenti se mogu vratiti svojoj tipičnoj rutini kada se osjećaju spremni, iako se naporne aktivnosti trebaju izbjegavati do šest tjedana. Većina liječnika obavještava svoje pacijente kada se potpuno izliječe od operacije ciste na jajnicima i mogu se vratiti svojim uobičajenim aktivnostima.