Pacijent će poduzeti pripremne korake za endoskopiju koji uključuju educiranje i pripremu tijela za zahvat. Ovi koraci uključuju sve, od termina konzultacija s njegovim liječnikom do prestanka konzumiranja hrane, lijekova i duhana prije testa. Pacijenti će čak morati uzeti u obzir odjeću koju nose tijekom postupka. Jednom u bolnici, on i njegovo medicinsko osoblje nastavit će s endoskopskom pripremom koja je osmišljena kako bi pomogla da se test odvija što je lakše i učinkovitije. Zbog prirode nekih od ovih preparata, endoskopije općenito zahtijevaju pratnju pacijenata na putu kući.
Jedan od prvih koraka pripreme za endoskopiju je dogovor između liječnika i pacijenta. Tijekom ovog termina, liječnik će pacijentu objasniti postupak i endoskopsku pripremu i daljnje postupke. Zatim će odgovoriti na sva pitanja koja pacijent može imati.
Pacijent će liječniku reći o svim svojim alergijama, kao i otkriti sve svoje lijekove na recept i lijekove bez recepta. Liječnik će mu reći treba li prestati uzimati lijekove prije endoskopije i, ako da, koje lijekove mora prestati uzimati i koliko dugo. Općenito, liječnici savjetuju pacijentima da prestanu uzimati lijekove koji uključuju aspirin ili sukralfat. Ovi lijekovi mogu dati lažna očitanja testova. Prije nego što termin završi, liječnik će dati da pacijent potpiše obrazac pristanka u kojem navodi da razumije korake pripreme za endoskopiju, rizike postupka i zahtjeve za naknadnu njegu.
Endoskopije se obično zakazuju u jutarnjim satima, jer pacijenti moraju prestati jesti i piti najmanje osam sati prije zahvata. Neki liječnici savjetuju pacijentima da prestanu jesti 10 sati prije testa. Bistre tekućine mogu se dopustiti četiri sata prije endoskopskog zahvata, a pacijentima je obično dopušteno oprati zube prije odlaska u bolnicu. Ako liječnik utvrdi da bi pacijent mogao nastaviti uzimati određene bitne lijekove, obično ih pacijent može uzeti dva sata prije zahvata uz gutljaj vode. Obično će se korisnicima duhana savjetovati da prestanu s upotrebom duhanskih proizvoda najmanje šest sati prije endoskopije.
Priprema pacijenta za endoskopiju nastavit će se u bolnici. Najvjerojatnije će ga liječnik ili medicinska sestra pitati je li se pridržavao svih ostalih koraka pripreme za endoskopiju. Pacijenti bi trebali nositi široku odjeću ujutro nakon zahvata, bez patentnih zatvarača, rublja grudnjaka i drugih metala. Ako pacijent nosi protezu ili naočale, morat će ih ukloniti prije endoskopije. Neki liječnici možda bi voljeli da pacijenti uklone i nakit poput velikih naušnica i ogrlica, kao i piercinga na jeziku ili usnama.
Općenito, pacijenti će dobiti lokalni anestetik neposredno prije endoskopskog testa. To umrtvljuje područje usta i grla kako bi se spriječilo začepljenje. Ovisno o liječniku i pacijentu, pacijent također može dobiti lijekove protiv anksioznosti, anesteziju ili oboje. Bilo koji od ovih lijekova ili oba mogu se koristiti za opuštanje pacijenta i sprječavanje grčenja, ukočenih i stegnutih mišića te umirivanje refleksa. Obično se pacijentu koji je upravo obavio endoskopski zahvat nije dopušteno voziti se kući i mora napustiti bolnicu s članom obitelji, prijateljem ili drugim pouzdanim poznanikom.