Unutarnji motor je onaj sa samo malim dijelom pogonske osovine, zajedno s propelerom, uronjen u vodu. Obično se u takvim slučajevima glavni dio unutarnjeg brodskog motora nalazi unutar čamca, obično blizu središta, osobito u manjim plovilima. Unutarnji brodski motori imaju neke prednosti i nedostatke kada je u pitanju krstarenje vodom.
U većini slučajeva, za skijanje na vodi i možda općenito krstarenje preferiraju se motori s unutarnjim brodom. Obično im je potrebno manje vremena da stignu do aviona i ne uzrokuju podizanje pramca toliko kao izvanbrodskog motora kada stignu do tog zrakoplova. Ovo je također izvrsno za nautičare koji brinu o tih nekoliko sekundi kada možda neće moći izravno vidjeti što je ispred njih. Unutarnji motor to omogućuje jer ne troši toliko energije na podizanje prednjeg dijela plovila.
Nadalje, unutarnji motor je popularan za skijaše jer održava veći dio čamca u kontaktu s vodom. To može olakšati buđenje i lakše iskustvo skijanja. Ipak, neki skijaši možda preferiraju izazov koji dolazi uz veće wakee i preferiraju ih za aktivnosti kao što je skakanje u buđenje.
No, nečega se odustaje i s unutarnjim motorom. Činjenica da je toliko u kontaktu s vodom, barem u usporedbi s vanbrodskim motorima, znači da brodovi doživljavaju znatno veći otpor. To može usporiti čamac u usporedbi s vanbrodskim motorima slične konjske snage. Stoga unutarnji motor možda nije najbolji izbor kada je brzina važna.
To je samo jedan od razloga zašto turnirski ribari, poput onih koji idu na bas ili druge vrste divljači, preferiraju vanbrodske motore. Također, motorni čamac s unutarnjim motorom ima ograničenu mogućnost naginjanja pogonske osovine prema gore kako bi ušao u pliće vode gdje se ponekad nalaze ribe. To se uspoređuje s vanbrodskim motorima koji se obično mogu potpuno ili gotovo potpuno podići iz vode radi pristupa takvim područjima.
Neki tvrde da unutarnji motori traju dulje od vanbrodskih. Međutim, to se može objasniti kao osobna preferencija ili stvar sreće. Dvotaktni motori imaju tendenciju bržeg trošenja od četverotaktnih motora, a unutrašnji motori su uglavnom četverotaktni. Međutim, moderni izvanbrodski motori također su gotovo svi četverotaktni, zbog čega ova razlika više ne vrijedi, barem za novije modele. Unutarnji motor također ima tendenciju da košta malo više od usporedivog vanbrodskog motora, što nekima može dati dojam da je kvaliteta samo nešto bolja.